清净寺
涂门清净寺（麒麟寺、圣友寺、艾苏哈卜寺、清真寺、礼拜寺）
——始建年代（北宋·大中祥符说。南宋·绍兴说。）
——元（至大三年建穹顶。皇庆间不鲁罕丁来泉住持清净寺。）
——明
——明·正德《重立清净寺碑》
——明·万历《重修清净寺碑记》
——清
——近现代
——寺门门楼
——明·永乐皇帝敕谕碑刻
——小西天
——宣礼塔遗址
——奉天坛（礼拜殿）
——明善堂
——千年古井
——祝圣亭
——新建礼拜堂
其他清净寺
——礼拜寺增至六、七。
——南门清净寺。
——东门外清净寺。
——城南清净寺。
——津头埔也门清净寺。
涂门清净寺 （麒麟寺、圣友寺、
艾苏哈卜寺、清真寺、礼拜寺）
清净寺，又名“麒麟寺”、“圣友寺”，或音译为“艾苏哈卜寺”（Ashab Mosque），俗称“清真寺”，位于泉州市鲤城区涂门街（古为通淮街）中段，是阿拉伯穆斯林在中国创建的现存最古老的伊斯兰教寺。
“清净寺（北宋）”1961年3月列为第一批全国重点文物保护单位。廿世纪90年代列为“中国十大名寺”中唯一入选的伊斯兰教清真寺。
“泉州：宋元中国的世界海洋商贸中心”，2021年7月列为世界遗产名录，“清净寺”是其22处代表性古迹遗址（遗产点）之一。
清净寺占地面积2184平方米，寺门朝南，主体建筑有门楼、奉天坛、明善堂3部分，类叙利亚大马士革风格，仿照中世纪阿拉伯地区伊斯兰教寺形式而建。荷兰人白参（Max Van·Benchen）曾指出，该寺与开罗建于14世纪的哈桑苏丹的玛德拉萨寺（Mad·Vasah）、巴尔古克苏丹陵的法拉日（Fazadj）苏丹堂相仿。
始建年代
清净寺的始建年代有二说：
北宋·大中祥符说
现代，学术界依据该寺门楼甬道后北墙上所嵌阿拉伯文纪年石刻，普遍认为该寺本名应作“艾苏哈卜寺”，创建于伊斯兰教历400年，即北宋·真宗·大中祥符二年（1009年），创建人不详。
南宋·绍兴说
清·道光《晋江县志·卷69·寺观志·城中寺观·清净寺》载：“清净寺，俗称礼拜寺，讹为马拜寺，在通淮街北。宋·绍兴元年（1131年），回回人兹喜鲁丁自撤那威来泉所造。楼塔高敞，相传为文庙青龙之左角。其教以沐浴事天为本。”
现存寺里的《重立清净寺碑》亦云，波斯“有纳只卜·穆兹喜鲁丁（即兹喜鲁丁）者，自撒那威从商舶来泉，创兹寺于泉州南城”。
绍兴年间，还发生了一起涉及创建清净寺的事件，后来该事件成为秦桧迫害赵令衿的借口。此事见之于傅自得逝世后朱熹为其所书的《行状》（《朱文公文集·卷98》，四部丛刊初编缩本）中。（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·朱熹、傅自得、赵令衿》）
绍兴二十一年（1151年），赵令衿知泉州，时傅自得任泉州通判。有外国商贾建层楼（清净寺）于郡庠（文庙府学）之前，“贾赀矩万，上下俱受赂。”地方上的士大夫、读书人认为清净寺建于城内府学之前，既破坏了“八卦巽位”，又破坏了“泉庙学受盛山川”，于是，群起而告官。
通判傅自得受理时判决：贾胡蕃商是“化外人，法不当城居”，并“立戎兵官，即日撤去”，清净寺由郡旧罗城内迁出建于城外濠。这样，既不破坏“庠校科第人文”，又使清净寺“峙文庙青龙之左角”，为府学增胜。
地方史学者陈达生认为，称艾苏哈卜寺为清净寺，系明代以来历史学家之误。艾苏哈卜寺与清净寺实为二寺，而非一寺，二寺创建、修建年代及主持者姓名毫无相似之处；之所以将二寺误为一寺，皆因明·正德丁卯（1507年）年将这块《重立清净寺碑》误立于艾苏哈卜寺内所致。他在主撰之《泉州伊斯兰教石刻》中写道：“元末，泉州发生战乱，色目人互相残杀，大部分教寺建筑被毁，清净寺可能也毁于此时。一百多年后，社会趋向安定，泉州穆斯林重修教寺，觅得吴鉴撰写的旧碑，因字迹漫漶不清，重刻了碑文。可能当时当地能懂阿拉伯文的人很少，对艾苏哈卜寺内的阿拉伯文纪年石刻难以认清，所以将《重立清净寺碑》误立于艾苏哈卜寺内，尚书赵公荣又在寺额上题书清净寺大匾，致使张冠李戴，延续至今。”
元
至大三年建穹顶
元·至大三年(1310年，伊斯兰教历710年)，波斯（伊朗）南部城市设拉子（Shiraz）著名的“鲁克伯（意为骑士）哈只”，即艾哈玛德·本·穆罕默德·贾德斯，为该寺“建筑了高悬的穹顶，加阔了甬道，重修了高贵的寺门并翻新了窗户。”
皇庆间不鲁罕丁来泉住持清净寺
不鲁罕丁（Burhan eddin，或译作白尔汗丁、白儿罕丁，史书常作夏不鲁罕丁），波斯开才龙城（Kazerun，亦译为喳啫例绵，今伊朗卡泽伦城）人，伊斯兰历620年(1229年)生，是伊斯兰教经师。
清·道光《晋江县志·卷75·杂志上》引明·崇祯《闽书抄》载：
“夏不鲁罕丁者，西洋喳啫咧绵人，皇庆间随贡使来泉，住排铺街。修回回教，泉人延之住持礼拜寺。寺，宋·绍兴创也。
先是，郡守陈公偁请置市舶于泉州，终宋世向其利。胡贾航海踵至，富者赀累钜万，列居郡城南。于是纳只卜穆喜鲁丁，撒冉阝威人，建兹寺，有银瓶香炉以供天，土田廛舍以给众。
宋、元之际，寺坏不治。至正九年，夏不鲁罕丁与金阿里谋出己赀修之。请佥宪赫德尔、监郡偰玉立主其事。旧物征复，寺宇鼎新，层楼耸秀，峙郡庠前，东壮青龙左角之胜，众人悦。三山吴鉴记之。当是时，夏不鲁罕丁年逾百有二十矣，精健如壮岁。故是役也犹为政，鉴称其博学有才德，众奉以摄思廉。摄思廉，即华云主教也。
罕丁，皇朝洪武三年庚戌乃终，去至正己丑又二十二年，盖寿百四十二岁云。
夏勅大师，不鲁罕丁子也，习回教，继其业，亦寿百一十岁。”
可知：
元·皇庆（1312—1313年）间，年逾八十的不鲁罕丁随贡使来泉，住郡城排铺街，众请住持礼拜寺（今涂门街清净寺），任“摄思廉夏”长达60年。“摄思廉夏”为阿拉伯语Shaikh al-Islām的音译，“摄思廉”即伊斯兰，“夏”即“谢赫”或“长老”之意；“摄思廉夏”今译“谢赫·伊斯兰”，意为“伊斯兰长老”。历史上，不鲁罕丁常误作夏不鲁罕丁。其实，夏不鲁罕丁即“谢赫不鲁罕丁”或“不鲁罕丁长老”。
至正七年（1347年）左右，摩洛哥大游历家、虔诚的穆斯林伊本·巴都他（亦译作伊本·白图泰）以印度使臣的身份到泉州港，还曾会见不鲁罕丁。其《游记》述曰：“刺桐（即泉州）城的廉士中有一位开才龙人氏，名叫白尔汗丁（Burhān al-Din，即不鲁罕丁），城外有他的一座道堂。”他位居“众伊斯兰长老们之首”。（参见泉州历史网《泉州人名录·伊本·巴都他》）
宋、元之际清净寺损坏，后一直未经修治，至正九年（1349年）不鲁罕丁与金阿里倡修。
清·道光《晋江县志·卷69·寺观志·城中寺观·清净寺》载：“元·至正（1341—1368年）间寺坏，里人金阿里重建，三山吴鉴为《记》。”
现存清净寺中明·吴鉴《重立清净寺碑》有曰：“至正九年，闽海宪佥赫德尔行部至泉，为政清简，民吏畏服。摄思廉不鲁罕丁，命舍剌甫丁哈悌卜领众分诉。宪公审察得情，任达鲁花赤高昌偰玉立正议为之□理，复徵旧物。众志大悦。于是里人金阿里质以己赀，一新其寺。”（参见泉州历史网《泉州人名录·偰玉立、金阿里》）
不鲁罕丁卒于明·洪武三年（1370年），享年142岁，是泉州历史上最长寿之人。其子夏敕继承教业，寿110岁。他们的后裔以“夏”为姓，不间断地住持泉州清净寺。
明
清·道光《晋江县志·卷69·寺观志·城中寺观·清净寺》载：
“明·正德间，住持夏彦高鸠众重修。
隆庆丁卯（隆庆元年，1567年），木塔坏，知府万庆令住持夏东升、教人苏养正等，修塔五层（并修建明善堂）。
万历三十七年（1609年），地大震，楼颓其角。而寺中房屋占住者百余人，污秽破坏，知府姜志礼、知县李侍问捐俸重修，悉驱出之，仍构亭宇，令教人林日耀住持。夏日禹董其役，李光缙为《记》。”（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州典故·地震》、《泉州人名录·李光缙》）
夏彦高的重修，在正德二年（1507年）。当时，因元·至正间吴鉴的重修《记》碑“旧碑年久朽敝无征”，遂于重立，竖《重立清净寺碑》。
而万历地震后，清净寺寺楼颓其角，但主体建筑寺门、奉天坛等仍保持了原来的规模。重修时改礼拜寺塔为七层，即所谓“七级凌日”。
时李光缙在《重修清净寺募缘疏》里，强调清净寺的重修要按道教“筹坎离而宅其中”。因此这次重修，是按道教的太极、两仪、四象、八卦、乾元、九天等来设计的改建礼拜寺大厅。
李光缙《重修清净寺碑记》还提出，“儒道如日中天，释道如月照地，余谓净教亦然。”进而从道教角度强调通淮街清净寺“峙文庙青龙之左角”，说“兹楼之胜，于文庙有关”。
同时，采取“建筑之间加甬道、留通巷”，并拆除原来用作宰牛的大片炉灶，防生火灾；加甬道或留通巷更是为了避免地震时外墙或临屋倒塌，波及毗连屋栋成列倾倒的情况发生。
明·正德《重立清净寺碑》
元·至正里人金阿里重建清净寺时，吴鉴曾为碑记。至明·正德二年（1507年）夏彦高重修时，吴鉴碑记已“朽敝无征”，因此为立《重立清净寺碑》。碑文包含两部分：一部分为吴鉴所撰《清净寺记》全文，另一部分记载翻录《清净寺记》的来源和对寺业有贡献者。
据陈达生主撰《泉州伊斯兰教石刻》云：“重立清净寺碑（公元1507年）：艾苏哈卜寺门楼甬道后东侧，登台阶数级，有一堵矮墙。墙上并排安嵌二石碑，南首者即是此碑。花岗岩石琢成，通高260、宽110厘米。碑面阴刻文字，风化剥蚀严重。碑首横刻篆体六大字‘重立清净寺碑’，以下竖刻22行，每行60字。”
后建祝圣亭保护之。
如果不算撰写年代尚存疑问的河北定州《重建礼拜寺碑记》（碑署撰写年代为元至正八年，即1348年），则元·吴鉴的清净寺碑铭（撰写于1350年），与广州《重建怀圣寺记》（1350年），被白寿彝在1940年代称“为中国伊斯兰寺院中可考的最古汉字碑记。”该碑不但“最古”，而且与后来为数颇多的汉文伊斯兰碑铭相比较，它对中国穆斯林信仰的记载之“平正忠实”，“迄于今日，实尚未见一文足以当之”（白寿彝《跋吴鉴＜清净寺记＞》）。对研究早期阿拉伯与中国宗教文化交流史，伊斯兰教在中国东南沿海港口城市传播与清真寺的建置、组织机构等，具有重要的历史资料价值。
因为岁久朽敝，该碑在明代被人重新镌刻，并被冠以《重立清净寺碑》的名称。至于吴鉴碑铭的原文，今已不可考知。虽经明代重刻，此碑仍然是见证中国伊斯兰教历史的最值得珍视的文物之一。
关于该碑的文本，其前半部分曾因被抄录在何乔远的《闽书》中而得稍广流传。至近现代，因文多磨灭，1920年代末厦门大学黄仲琴因暑假“作闽南之游”时，在泉州清净寺内访得该碑，并识读、记录下碑文，主要是碑文的后半部分（见黄仲琴《闽南之回教》，收录于李兴华、冯今源编《中国伊斯兰教史参考资料选编〔1911－1949〕》下册）；1957年出版的吴文良《泉州宗教石刻》一书，也录有这块碑记，但与黄仲琴所录出入很大；而今存碑上，被人用金粉填描，对多处刻痕不清的字迹，往往仅凭臆测率尔为之，个别地方甚至任情涂鸦（如改“墨司”为“墨屎”），与吴文良书所提供的文本出入不小；1962年，前岛信次曾根据《闽书》和黄仲琴的勘查记录，进行过吴鉴碑记的复原尝试（前岛信次《元末的泉州与回教徒》，《史学》27：1，1962）。文革后，陈达生又主撰出版《泉州伊斯兰教石刻》，辨识收录《重立清净寺碑》文本。
今据陈达生《泉州伊斯兰教石刻》收录的文本，参考白寿彝《跋吴鉴<清净寺记>》、张星烺《中西交通史料汇编》及其他文本，录碑记全文如下（原文无标点。[]处所填字系补上）：
“重立清净寺碑
掌教夏彦高，谟阿津□□□仝募
明 □□将军福建都指挥使司都指挥□□□□许清 篆盖
赐 进士观户部政使□□□□□□□□事□□丁仪 书碑
西出玉门（或作“玉关”）万余里，有国曰大寔（或作“大食”），于今以（或作“为”）帖直氏（大寔、帖直氏：均为波斯语Tajiks、Tazi之音译，亦译作大食、多氏、大石）。北连安息（Arsaces，今苏联中亚之布哈拉）、条支（kufa，今伊拉克国条支），东隔土番（“番”音博bó；又作“吐蕃”）、高昌（今新疆吐鲁番境内），南距云南、安南（今越南），西渐于海。地莽平，广袤数万里。自古绝不与中国通（此语非史实）。城池、宫室、园圃、沟渠、田畜、市列（或作“布列”），与江淮风土□异（或作“不异”、“迥异”）。寒暑应候，民物繁庶。种五谷、蒲萄诸果。[俗]重杀（吴鉴似受《经行记》和《新唐书·大食国传》影响，不为无因，但这种叙述亦属片面），好善。书体旁行，有篆、楷、草三法。著经史诗文，阴阳星历，医药音乐，皆极精妙。制造织文、雕镂器皿尤巧。
初，默德那（或作“默得那”）国王别谙拔尔谟罕蓦德，生而[神灵]，有大德，臣服西域诸国，咸称‘圣人’。‘别谙拔尔’，犹华言‘天使’，盖尊而号之也。其教以万物本乎天，天一[理]，无可像，故事天至虔，而无像设。每岁斋戒一月，更衣沐浴，居必易常处。日西向拜天，净心诵经。经本天人所授，三十藏，计一百三十四部（或作“一百一十四部”），分（或作“凡”）六千六百六十六卷。旨义渊微，以至公无私、正心修德为[本]，以祝圣化民、周急解厄为事。虑悔过自新，持己接人，内外慎敕，不容毫末悖理。迄今八百余岁，[国俗]（或作“国民”）严奉尊信，虽适殊域，传子孙，累世犹不敢易焉。
至隋·开皇七年（587年），有撒哈八·撒阿的·斡葛思者，自大寔航海至广，方建礼拜寺于广州，赐号‘怀圣’。宋·绍兴元年（1131年），有纳只卜·穆兹喜鲁丁者，自撒那威（或作“撒冉威”；波斯语Shiraf之译音，亦译为尸罗围、施那帏，中世纪波斯湾著名港口）从商舶来泉，创（或作“剙”）兹寺于泉州之南城。造银灯香炉以供天，买土田房屋以给众。后以没塔完里（阿拉伯语al-Mutāwāli的音译，又译作穆泰瓦利，意为寺产或麻札财产的管理人员）阿合味不任，凡供天给众具窜易无孑遗，寺因废坏不治。其徒累抗于官，墨□不决有年矣。
至正九年（1349年），闽海宪佥赫德尔行部至泉，为政清简，民吏畏服。摄思廉夏（阿拉伯语Shaikh al-Islām的音译，今译“谢赫·伊斯兰”，意为“伊斯兰长老”）不鲁罕丁，命舍剌甫丁哈悌卜（阿拉伯语khatib之译音，今译“海推布”，旧译又作“鸣教”、“唱教”，意为“宣讲教义者”、“宗教演说家”。与伊玛目、穆安津合称“三掌教”，专门负责宣讲教义教法，并于主麻日聚礼时在“敏拜尔楼”[讲坛]上宣念“呼图白”。）领众分诉。宪公审察得情，任达鲁花赤高昌偰玉立正议为之□理，复徵旧物。众志大悦。于是里人金阿里质以己赀（或作“愿”字），一新其寺。来徵余文为记。（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·不鲁罕丁、舍剌甫丁、偰玉立、金阿里》）
予尝闻长老言，帖直氏国初首入职方(《周礼》夏官所属有职方氏，掌管地图与四方的职责；由唐迄清，兵部皆设职方司主要掌管疆域图籍)，土俗教化与他种特异。徵诸《西使》（即《西使记》，元·刘郁撰，1卷）、《岛夷》（即《岛夷志略》，元·汪大渊撰，1卷，参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·汪大渊》、《泉南著述·岛夷志略》）等志尤信。因为言曰：天之欲平□天下，由来非一日情（“情”或作“绩”）也。庄子书、佛书皆言（或作“曰”）西方有大圣人，至隋而谟罕蓦德始出。其教大端，颇与理合。汉、唐通西域羁縻，不尽臣服。自礼拜寺先入闽广，□其兆盖已远矣。今泉造（或作“之”）礼拜寺增为（或作“至”）六、七，而兹寺之废复兴，虽遭时数年，名公大人硕力赞赞，亦摄思广（应为“摄思廉”之误）、益绵（阿拉伯语al-imām之音译，今译作“伊玛目”，原意为领袖、表率、率领者和思想理论界权威。此处专指在寺内率众礼拜的阿訇）之有其人也。余往年与修《清源郡志》，已著其事。今复□（似应为“志”字，或作“书”）其废兴本末，俾刻之（或作“诸”）石，以见夫善教流行，义无所不达也。
奉政赫公、正议偰公，皆明经进士，其于是役，均以大公至正之心行之耳，非慕其教者。偰公治泉有惠，期年之内，百废皆兴；而是寺之一新者，亦余波之及欤?谓非明使者与贤郡守，则兹寺之教坠矣！
不鲁罕丁者，年一百二十岁，博学有才德，精健如中年人，命为‘摄思廉’，犹华言‘主教’也。益绵苫思丁，麻哈抹没塔完里，舍剌甫丁哈悌卜，谟阿津萨都丁。‘益绵’，犹言住持（佛、道寺院主管僧之职称）也。‘没塔完里’，犹言都寺（亦作“都总”、“都管”，佛教僧职）也。‘漠阿津’（阿拉伯语al-mu'adhdhin的音译，旧译又作“买曾”，今译作“穆安津”，原意为“宣礼员”，在中国为“三掌教”之一，以前多世袭），犹言唱拜者也。
赞其事，总管孙文□□顺（或作“总管孙文、英顺”），推官徐君正，奉训知事郑士凯；将仕董其役者，泉州路平准（或作“平淮”）行用库副使冯马沙（或作“乌马沙”）也。
时至正十年（1350年），三山吴鉴志。
按：旧碑年久，朽敝无徵，掌教夏彦高（或作“高彦海”）、□者旧（？）、赵尹璋、蒲景荣、迭元高（或作“赵元高”）等，录诸《郡志》全文，募众以重立石；如尚书赵公荣（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·赵荣》）立扁（或作“匾”）‘清净寺’三大金字，以辉壮之；他如参将马公谟（或作“马公谨”）、张公玹（或作“糱”），少卿赵公玹（或作“糱”），知州马公庆，指挥干公辅（或作“于公辅”），皆以本教为念，或茂（或作“议”）以修茸之助（或作“或募以修辑之初”、“或茂以修葺之功”），或厚以俸赀（或作“俸督”）之施，而咸有功斯寺者。然教中显于泉者尤多，以其□□□地（或作“以其□□土地”），故漏之。是故（或作“为”；“是故”似系“旹为”之误）正德丁卯（正德二年，1507年）夏之（或作“夏月”）吉旦。”
吴鉴所撰的《清净寺记》与广州（1350年）《重建怀圣寺记》和定州《重建礼拜寺记》，被认为是中国现存最早的汉文伊斯兰教碑铭，对研究早期阿拉伯与中国宗教文化交流史，伊斯兰教在中国东南沿海港口城市传播与清真寺的建置、组织机构等，具有重要的历史资料价值。
明·万历《重修清净寺碑记》
该碑现存泉州清净寺内祝圣亭，碑以花岗岩石琢成，高277厘米、宽117厘米，碑文系李光缙于明·万历三十七年（1609年）所撰。全文如下：
“清净之教流入中土，自隋·开皇始。经首言真主，以真命为天主，真心为人主，故其教主于斋戒沐浴以事天。凡一年必有一月之斋，如吾中国岁首月是也；凡一月必有四日之斋，值亢、牛、娄、鬼之日是也；拜必沐浴，非沐浴不敢入拜；斋必素食，非见星不敢尝食。教主遇斋，率众诵经，西向罗列，但有膜拜，而无供养。此教之大凡也。
郡建寺楼，相传宋·绍兴间兹喜鲁丁自撒那威来泉所造。楼峙文庙青龙之左角，有上下层，以西向为尊。临街之门从南入，砌石三圜，以象天三；左右壁各六，合若九门。追琢皆九九数，敢苍穹九天之义。内圜顶象天，上为望月台，下两门相峙，而中方，敢地方象，入门转西级而上，曰下楼，南级上，曰上楼。下楼右壁门从东入，正西之座曰奉天坛，中圜象太极，左右二门象两仪，西四门象四象，南八门象八卦，八一门以象乾元，天开柱子，故曰天门。柱十有二，象十二月。上楼之正东，曰祝圣亭。亭之南为塔四，圜柱子石城，设二十四窗，象二十四气。西座为天坛，所书皆经言云。
经楼睇之，清源在北，鸿渐在南，葵山在西，灵山在东，紫帽在西南，宝盖、天马在东南，凤山在东北，朋山在西北，众峰迤列，台展如垒；溪水从西来，二长虹阑之，大瀛海汪洋其东。俯瞰城中，千雉如带，双搭插天，通衢曲巷，飞甍联檐，西望一紫在趾踵下。楼北有堂，郡太守万灵湖公额曰：‘明善堂’。以楼为正峰，横河界之，通海水潮汐，短桥以济异时教众，每于月斋、日斋登楼诵经，已毕，退，休息于此堂之上。寺极观备是矣。
胜国以前，递坏递兴，无得而纪。按碑载元·至正有回夏不鲁罕丁与里人金阿里修之。（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·不鲁罕丁、金阿里》）
明兴，不知凡几缮。隆庆丁卯，塔坏，住持夏东升鸠众修之，太守万灵湖公捐俸以助。
今万历三十五年（1607年），地大震、暴风淫雨而楼栋飘摇，颂圮日甚，住持夏日禹率父老子弟请余修之。余曰：‘公役也，有资舍财，无资舍力，无乾没，无冒破，以成厥胜。’众皆欣然。时丁君哲初，以吏部郎请给里居，与余谋佥同，于是始事。
先是楼北无庭除。左设居房，右置灶舍，中道如甬，后为占住者屠牛之垣。余是以移去之，易居为洗心亭，除灶为小西天，庭空月碧，楼影徘徊，亭光翼之，若增一胜。楼之坏者葺，欹者正，仆者隆起，因集颜鲁公‘遥天楼’三字额之，又题曰‘惟天为大’，以晓之尊天之意，逮及明善之堂，翕然改观矣，余乃记之。
余按：
净教之《经》，默德那国王谟罕蓦所著，与禅《经》并来西域，均非中国圣人之书。但禅《经》译而便于读，故至今学士谭之。而净教之《经》，未重汉泽，是以不甚盛行于世。
然以余所观，释氏书祖心经，其始译则沙门玄奘奉诏为之，岂其人通夷语、解佛理，果无鲁鱼亥豕之误乎？唐一时君臣奉若天书，即二帝三王之经不啻，上好而不必甚，是以萧王禹（“王禹”合一字）、傅奕之徒皆言佛，而佛《经》滋多于是矣。
吾以为玄奘之译未必尽无讹，而《金刚》、《楞严》、《圆觉》、《法华》以下之书，岂必其真从西至也。禅《经》译而《经》杂，净《经》不译而《经》不杂。译者可言而亦可知，知之则愈幻；不译者不可知而可言，徒读之未尽。
尝按是以思，儒有声、色、臭、味、安、佚，不讲性之说，禅之教近之，故不有其眼、耳、鼻、舌、身、意，而空之于一切，但言性而不言命。儒有仁、义、礼、智，天道不谓命之说，净之教近之，故有其君臣、父子、夫妇，而归之于事天，但言命而不言性。之二者，习之而善各有得，习之而不善均不能无得。
乃今之习净教者何如也？沿其迹不得其真性，物肇于饮食之弥，文踵率其出沐之故事，曾于维天之命一思否？甚则以肉食为斋，以净为教矣。是以世俗见其然：信祥者，既以其囗，关于死生祸福之藉而急之；皈慈悲者，又以其多不合于斧斤芒刃之用而囗之。故清净氏之言天堂，反不如释氏之言地狱，虽其先守教之家，今亦掉臂而叛去，此教之所繇衰，而寺之所繇圮，乃末趋渐失使然耳，岂其初立教之本旨哉！
说者谓儒道如日中天，释道如月照地，余谓净教亦然。韩昌黎（韩愈）欲于佛，火其书，庐其居，此激太过之论，茫茫区宇，何所不有。邹鲁（指孔子）六籍之外，百家九流亦足补其大道，何必尽非上帝临汝无贰尔心。
吾于斯楼取其为事天之所，多言释道，不如冥冥。民可使由，不可使知，吾于《经》取其不译而已矣。夫是以议修复之，非徒以区区灵光之迹也。
是役也，郡大夫姜公，邑大夫李公，谓兹楼之胜，于文庙有关，捐俸助修，乃里中诸大夫君子相与协力成之，余何力之有焉。
役始于万历戊申岁之六月，竣于已酉岁之九月，费金囗百有奇。董役则林日耀、任才钟、李东、王延华，募缘则夏日禹、何仕全、何天启，而昼夜殚心竭力以稽工，实则日耀之功居多。例得并书。
万历三十七年（1609年）岁在已酉秋重阳之吉。儒林门人李光缙、宗谦甫顿首拜撰。”
清
清·康熙二十六年（1687年），“泉州大风，礼拜寺塔圯”（《康熙志稿》），从此未能修复。
清·康熙五十一年（1712年），福建汀延邵等处地方总兵官左都督陈有功、福建陆路提标左协中军游击陈美来官泉州，目睹泉州伊斯兰教式微，“即延师谏督我教门诸子，学经解篆”，重兴通淮街清净寺，在寺中办学校，学习阿拉伯文字，读《古兰经》，解释《古兰经》。
清·嘉庆二十三年（1818年），提督马建纪来官泉州，兴礼拜教规。
清·同治十年（1817年），提督江长贵来官泉州，自聘阿訇住持教寺，倡导教务，重奠教基，泉州伊斯兰教又一次得到重兴。但随着江长贵离去，教务随之而颓。
近现代
民国13年（1924年），许宝玉阿訇受北京回教总会的派遣，来泉州住持清净寺。时济南道伊唐柯三赠对联云：“清真乃吾教所宗，畏天命、畏圣言，应共守先贤训诲；孝悌是人伦之本，爱国家、爱团体，当更具有民族精神。”
民国25年（1936年），成达师范校长唐柯三派毕业生张玉光阿訇住持泉州教务。按张阿訇自述，其时清净寺“势如孤庙”，教徒“未闻主麻之举”，“只知不食猪肉，其他皆无禁忌”。论人口，“仅信仰薄弱之回民十一户”；论经济，“则十舍九寒”；论人才，“更寂焉无闻”。张氏以旧礼拜大厅租与宰牛公司，以月租金倡办成达师范附设小学，有回汉学生一百多人。后改名清真国民学校，倡教务，复教者渐众。
民国28年（1939年），在清净寺成立中国回民抗日救国协会福建省分会，到会代表六七百人。分会下辖白奇支会和檀江、陈江二个区会。省分会会址设泉州清净寺，出版《正源月刊》，宣传教义和抗日救国。
民国29年（1940年），张阿訇辞世，唐柯三派金明增阿訇继任。
民国37年（1948年），马厚恩阿訇继之，直至新中国成立。
1952年，整修门楼，解决门楼漏水，移掉门楼上的大榕树。
1957年，把斑驳不堪的黑砖围墙改为花岗岩围墙。
1983年，移出居住于寺内的12户回民，维修明善堂，新建小型展览馆。
1997年，重建明善堂，新建两个清净古桥尖拱门。
2002年，重修西面围墙。
2009 年，于寺东侧新建礼拜堂。
寺门门楼
临街的寺门朝南，为典型的中亚风格，由一面立墙和一个带有双凹半穹顶的门廊，以及连接的有半穹顶的甬道构成。门楼通高12.3米，基宽6.65米，门宽3.8米，深12.32米。门楼高耸挺拔，全部用加工严整的花岗石和绿辉石砌叠而成。外墙采用长石条及正方形丁头混砌，使外观每隔一层而呈现出一方块形状。
门顶由四大拱门构成内、中、外三层。门顶成穹庐向上尖拱，桃尖形曲线，拱门内半穹窿以放射线及蜂巢状图案装饰，与我国古代建筑的“藻井”石雕图案类似。
第一道拱门高10米、宽3.84米。
第一层结构和第二层拱门，纯用辉绿岩石磨砌造，石质坚韧，颜色苍翠。第一尖拱大门穹顶正中衔接外层，倒悬一朵雕刻精致的辉绿岩石莲花，表示伊斯兰教崇尚圣洁清净。以此垂莲为中心，砌嵌成放射状，由上端沿外层各侧延伸，有如蜘蛛网状拱形宝盖。
中层辉绿岩石尖拱门内的结构，是用花岗岩石精工雕砌成半穹窿形，穹窿壁上，砌饰着层层叠叠87个精工雕琢的小型尖拱而组成，状似蜂巢。若同门楼东西两墙砌饰的8个巨大尖拱壁门、壁龛，以及构成门楼分成三层的四道尖拱大门，整座门棂共有大小尖拱99个，象征赞颂至高无上真主的99个尊美之名。
内层为石砌正方形，东西两壁各砌饰一巨大尖拱壁龛。上部为青砖块圈筑的圆形大穹顶，涂垩洁白，无任何装饰，象征无限宇宙空间。
门楼正额横嵌阿拉伯文浮雕石刻，写道：“真主秉公作证，除他外，绝无应受崇拜的；众天神和一般学者，也这样作证，除他外，绝无应受崇拜的，他是万能的，是至睿的，真主所喜悦的宗教，确是伊斯兰教。”
门楼后墙上有两行阿拉伯文石刻，是用两条巨大花岗岩石琢刻，每条宽535、高35厘米，上面记载着清净寺的创建年代重修时间以及最早的名称。廿世纪50年代马坚先生将此碑的阿拉伯文译成中文。译文为：“此地人们的第一座礼拜寺，就是这座最古老、悠久、吉祥的礼拜寺，名称‘艾苏哈卜寺’，建于（伊斯兰教历）400年（1009—1010年）。300年后，艾哈玛德•本•穆罕默德•贾德斯，即设拉子著名的鲁克伯哈只，建筑了高悬的穹顶，加阔了甬道，重修了高贵的寺门并翻新了窗户，于（伊斯兰教历）710年（1310—1311年）竣工，此举为赢得至高无上真主的喜悦，愿真主宽恕他……宽恕至圣穆罕默德和他的家属。”
门楼上屋顶作平台，前半部是“望月台”，乃伊斯兰教“斋月”前，伊玛目（教长、阿訇）率乡老在斋月前及斋月末站立于台上观望初升新月，决定穆斯林封斋（斋戒）和开斋日期的地方。 望月台上，筑砌墙垣环绕。南墙正中，内、外各砌饰一尖拱墙龛。北墙正中，筑开一登台人口，左右壁嵌镶两块汉语阴字“月”、“台”石刻。由于受中国传统文化影响，望月台亦采用了中国建筑文化结构与文化含意，月台周围东、西、北三面墙体上端砌筑24个“回”字形垛子，状如城堞（原应是24个尖拱小窗），象征中国农历四季气候之分季节。台之四角，耸立四座造型独特，纤巧玲珑的阿拉伯式尖塔，塔体俊美挺拔，雄奇壮观，为门楼增添巍峨雄姿，成为融中西文化为一体的特色建筑。平台上原来还有一座富有伊斯兰特色的拱形圆顶小亭，名曰“望月亭”，供伊玛目、阿訇率众乡老登台望月时休憩。望月台上之亭、塔，均毁于明·万历三十五年（1607年）泉州大地震，万历三十七年（1609年）知府姜志礼、知县李侍问捐俸以助，清净寺教长夏日禹、教友林日耀等募缘重予修复，后又因长期遭受狂风暴雨侵袭，电闪雷击，尤其受地震摆动，年久失修而再度毁于清初。
进大门，经四门三室重叠成的甬道，就达一花园式的露庭。
明·永乐皇帝敕谕碑刻
寺门内北面围墙正中，，至今完好无损地镶嵌着一方明·永乐五年（1407年）刻有《永乐上谕》的石刻，是明成祖·朱埭颁发保护伊斯兰教寺院的文告。
碑石高100厘米、长160厘米，四周边框绕刻浮雕龙饰；上框正中雕刻一条张牙舞爪的蟠龙，左右篆刻“敕”“谕”，两条奔龙从左右朝敕谕飞舞。左、右边框各雕刻一奔龙，下框为双龙戏珠。
碑刻全文曰：“敕谕 大明皇帝敕谕米尔哈只：朕帷能诚心好善者，必能敬天事上，勤率善类，阴翊皇度，故天惕以福，享有无穷之庆。尔米里哈只早从马哈麻之教，笃心好善，引导善类，又能敬天事上，益效忠诚，眷兹善行，良可嘉尚。今持授尔以敕谕护持，所在官员军民一应人等，毋得慢侮欺凌，敢有故违朕命慢侮欺凌者，以罪罪之。故谕。敕谕。永乐五年五月十一日之宝。”
据有关史书记载，明·永乐三年（1405年），郑和（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录·郑和》）首航西洋开展对外友好活动，在东南亚回教国的访问中，了解到泉州连续两次发生反回排外风波、伊斯兰教穆斯林遭受残酷镇压的情况，造成中国与西洋回教国家的友好关系蒙上阴影。若不尽快排除隔阂，对国内伊斯兰教采取团结保护措施，尔后到阿拉伯、波斯伊斯兰教国家开展友好邦交和发展贸易必定难以顺利进展。舟师归航回朝之后，郑和随即向明成祖奏明情况，请求朱埭颁降圣谕保护泉州伊斯兰教。永乐皇帝准奏而颁发此《敕谕》。
明成祖这一《敕谕》，体现出中国政府对外国侨民和中国穆斯林信仰宗教的尊重与保护，反映了封建统治政权对国内各民族广大信教群众的团结与爱护，是对待民族宗教的可贵、明智策略。
小西天
门楼后原有一幽静古朴的“小西天”（伊斯兰教讲经堂），其用处有二：一是作为阿訇（经师）对“海里凡”（学生）讲学、教授《古兰经》的课堂；二是作为对穆斯林宣讲伊斯兰教义、教律的传教场所。该堂已毁，门面犹存。
“小西天”旁边建筑一座专供穆斯林在礼拜之前进行洁身净心的洗心亭（沐浴室），亦称“水房”。
宣礼塔遗址
门楼的正东、寺门楼与礼拜殿之间的夹道内，原有一气势磅礴，雄伟壮观的石筑七级宣礼塔，名邦克楼。塔体如柱，高40米左右，凌空而立，高耸奇伟，是一座别具一格的古阿拉伯伊斯兰建筑的奇特尖塔，可与广州怀圣寺的光塔媲美。
宣礼塔与西北隅的佛教开元寺双塔遥遥相望，竞相媲美。明·李光缙《重修清净寺募缘疏》赞美为“一柱干云，并紫帽峰而作对，七级凌日，参开元寺塔以为三”。
古时，穆斯林即将举行礼拜之时，“穆安津”（宣礼员）登塔之最上层，高声赞颂真主至大、至圣穆罕默德，召唤穆斯林礼拜（即念邦克），－呼百应。夜间塔顶举火，为商舶导航，方圆百里，一目了然。每届秋冬，满戴丝、瓷、茶的商船扬帆离去；或值春秋，装运香料、药村的海舶驶来泉州港，阿拉伯穆斯林齐聚寺内、沐浴更衣，登塔眺望，诵读《古兰经》，祈求并赞感万能的阿拉赐福穆斯林船队一路平安。
宣礼塔初为石砌，后来毁于明代的一次地震中。明·隆庆元年（1567年），泉州知府曾重建五层木塔。清·康熙二十六年（1687年），木塔毁于飓风中，宣礼塔就此销声匿迹。塔址迄今人称为“塔脚”。
奉天坛（礼拜殿）
寺门门楼后西侧为奉天坛，又称礼拜殿，阿拉伯名叫“麦斯吉德”，即叩拜真主的地方。其生动地表现出阿拉伯伊斯兰式的异域建筑风格，是公元十世纪以前阿拉伯伊斯兰礼拜大殿的流行建筑模式，如今即使在中东阿拉伯地区也很少见。
礼拜殿占地面积约600平方米，四周以优质花岗岩石条砌叠的高大围墙，砌法同于门楼外墙，厚1.2米，墙高6米；巨大的窗户遍布各墙。
伊斯兰教反对偶像崇拜，因而清真寺建筑，绝无任何人物塑像或动物雕塑，而是雕刻精美花草或几何图案和《古兰经》文作为装饰。
奉天坛坐西朝东，尖拱形大门，高4.45米，宽2.25米，门楣顶镌刻着浮雕阿拉伯文《古兰经》句。东墙正大门南畔墙体，开一小门进入登望月台梯室。
西墙为朝向伊斯兰圣地麦加的正向墙，长18.40米，高同南墙，呈凸字形。上额横嵌一长列三一体浮雕阿拉伯文《古兰经》石刻。墙正中向后凹入一方形位置，宽4.54米，深4.31米，使宽敞的礼拜大殿，体现以西为尊、敬拜真主；凹入正向墙和左、右两侧上额，各横嵌一长列阿拉伯文浮雕《古兰经》石刻。正墙中部砌饰一座雕刻阿拉伯文《古兰经》的巨大尖弓宝盖状壁龛，伊斯兰教称为“米哈拉布”，即穆斯林礼拜安拉的“拜坛”。左、右两墙各开一长方形大窗，这一尊严的方位，在穆斯林心目中是最为崇高、神圣之地，乃伊玛目（阿訇）领拜的地方，右侧放置一装饰雅致而庄严的“敏拜尔”（状似台阶的宣讲台）和一支长枣木杖（虎图白棍）。西墙从南至北，砌饰6座巨大尖拱壁龛，各座壁龛均精细琢刻着笔法古朴，苍劲而有力的古体浮雕阿拉伯文《古兰经》。龛与龛间开设高2.95米、宽1.60～1.65米的长方形大门各2个，龛中及尖拱顶石板均雕有阿拉伯文经句。
南墙临涂门街，全长23米，高6 米，厚1.02米，立面于墙高1.82米处并排筑开8个长方形大石窗，窗孔高2.85米、宽1.80米，街上人们可望见里面；朝街外壁的窗顶楣各横嵌一长列浮雕阿拉伯文《古兰经》石刻。
北墙中，亦洞开一长方形大窗。
大殿上面原来罩着巨大的圆顶。明·李光缙《重修清净寺募缘疏》描述泉州清净寺大殿：“门以南为向，堂以西为尊。叠叠重重，规制异人间之庙宇；昂昂哙哙，翚革仿天上之楼台。”李光缙《重修清净寺碑记》载：“正西之座曰奉天坛，中圜象太极，左右二门象两仪，西四门象四象，南八门象八卦，八一门以象乾元，天开柱子，故曰天门。柱十有二，象十二月。” 明·万历卅五年（1607年）泉州大地震（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州典故·地震》），礼拜大殿拱形圆顶受到严重破坏。正如《重修清净寺碑记》所述：“今万历三十五年地大震，暴风淫雨而楼栋飘摇，倾圮日甚，住持夏日禹等募资重修。”万历三十六年（公元1608年）六月延能工巧匠，依照历史原貌修复，“楼之坏者葺，欹者正，仆者隆起”，万历三十七年（1609年）九月竣工。后来，泉州伊斯兰教日趋衰落，因年长月久失修，任受自然灾害破坏，久之再次毁于清初，迄今未能恢复。大殿倾塌后，圆柱虽已搬移或散失，可是柱基、柱础却大部分依旧遗留原地。为体现原结构风貌，1998年又将倒塌后四散数百年的12根石柱础及9根残柱收集重新竖立于原位。但是殿内的设施和圆顶遗物仍深深地埋在大殿地下，致使大殿现有地面比原来增高了1米多。
明善堂
明善堂在奉天坛（古礼拜殿）外西北角，是现在讲经的地方。明善堂始建于明·隆庆元年（1567年），屡建屡塌，1998年重修。现存建筑系近代改建，是一座东西向二进三开张传统中国民居式的砖木结构建筑。
原来，此处筑建有一座中、阿混合建筑形式的堂屋，作为伊玛目（阿訇）居住生活区，并设有厅堂接待宾客和商讨教务与登殿礼拜前后休息场所。明·万历三十七年（1609年）地震后重修清净寺时，该建筑亦修饰一新，泉州太守万灵湖题匾曰“明善堂”，此名一直沿用至今。
由于拱形圆顶的古礼拜大殿塌毁后无法复建，穆斯林不能在此举行礼拜，明善堂即改为穆斯林礼拜安拉的场所。后塌毁。清·嘉庆二十三年（1818年），福建全省陆路军门漳州总镇马建纪（四川穆斯林）捐资重建，为中国传统古建筑四合院形式。历经53春秋的春雨侵袭，破烂不堪，岌岌欲塌，同治十年（1871年），福建全省陆路军务提督江长贵（四川穆斯林）仕泉，捐俸重建为闽南古民居特色的小三间建筑形式。1950年初，因严重破损而塌毁。1952年，政府拨款帮助在原址搭盖了水泥柱、木三角框架的简易瓦片平屋，供穆斯林礼拜。1998年初，利用约旦哈哲尔先生夫妇10万美元捐款，重予修建，恢复清·同治年间建筑原貌，同时还修建了阿訇住宿楼和嘉宾接待室、泉州伊斯兰教陈列室等。
明善堂大门上额，悬挂厦门关监督唐柯三于民国十一年（1922年）题写横匾“认主独一”。大门内上端挂着一匾额，亦是唐柯三调任山东济南道道尹后，于民国十三年（1924年）六月敬立的，文曰“三畏四箴”。从伊斯兰教义解释，三畏即“畏天命、畏圣言、畏末日”，四箴即“箴信真主安拉、箴顺先知穆罕默德圣人、箴遵天经《古兰经》、箴行五功”；五功即教义规定的五大宗教功课“念、礼、斋、课、朝”。
由于明善堂的礼拜殿面积小而狭窄，最多只能容纳四、五十人举行礼拜，若逢伊斯兰教盛大节日，参加礼拜祈祷的穆斯林常齐集于千年古礼拜大殿，露天举行主玛礼拜。
明善堂前，至今矗立着一座精雕的宋代“出水莲花”石香炉，原是奉天坛的旧物，后来奉天坛无法蔽风雨，教徒们便移到明善堂作礼拜，香炉也移置于此。明·《重立清净寺碑》收录元·吴鉴碑记中，有“造银灯、香炉以供天”句，该香炉即此香炉。石香炉高90厘米，直径60厘米，重数百斤，以叶蜡石（寿山石）雕制而成，色白微灰，质纯无瑕。香炉上部是一朵盛开的巨大莲花，花心中凹下一个大洞，以放置香料。盛开的大莲花周围，再围绕一圈小莲花；往下是永不凋谢而各有特色与灵气的莲蓬或含苞待放的花朵。底层雕刻了动荡的波涛。其真意为“清净”与“洁白”。莲花虽为佛教敬仰之物，而伊斯兰教尊而敬之，并不奇怪，因为埃及也是伊斯兰教国家，她在500年前就被誉为莲花之国。
伊斯兰教忌烧香祈祷，其如香炉两旁大立柱上联对所云：“悔则净心但顶礼而无供养，宣则同调即异斋可以合鸣。”所以它是为众多穆斯林聚在一起举行礼拜时，将檀香末放置在香炉顶端下凹处焚烧，借以净化空气，减少或避免因人多空气污染而影响信徒健康，颇符合伊斯兰教徒酷爱卫生的观念特色。
明善堂内设有“泉州伊斯兰史迹陈列室”。
千年古井
古礼拜大殿（奉天坛）北墙外，有一口“千年古井”，井泉洁净清澈、水明如镜、久旱不枯，供伊斯兰教穆斯林前来举行礼拜之前汲水净身（沐浴）和寺众平时日常生活饮用。
该古井的挖掘年代尚有争议。一说是北宋·大中祥符二年（1009年）开始建造清净寺时挖掘的；一说可能是明、清之后所留。
祝圣亭
祝圣亭位于寺门及露庭的东侧、古礼拜殿正东的小平台。亭壁嵌立两块巨碑，右为明初翻刻元·至正十年（1350年）三山吴鉴撰写的《重建清净寺碑记》（见上文）；左碑是明·万历三十七年（1609年）的李光缙《重修清净寺碑记》。
由于小平台被居民占筑为灶舍，两石碑长期隐藏于厨房内，不见天日。1953年维修清净寺时，为保护这两块具有历史价值的石碑，拆除了厨房。1983年夏修缮清净寺时，又新建石构碑亭（祝圣亭）予以保护。
新建礼拜堂
2006年，阿曼驻华大使来清净寺参观，将清净寺想建新礼拜堂的意愿，转达阿曼国王。阿曼苏丹卡布斯国王欣然以个人名义捐资50万美元。该工程2007年10月开工，2009年竣工。
新礼拜堂位于清净寺东侧，尖拱式仿伊斯兰文化风格，占地面积2300平方米，建筑面积478平方米，形制同奉天坛，可容纳500多人。
其他清真寺
礼拜寺增至六、七
明《重建清净寺碑记》中所载元·吴鉴碑《记》曰：“今泉造礼拜寺增为六、七。”
庄为玑、陈达生《泉州清真寺史迹新考》曰：
“现就这些尚存的遗迹考证当时的教寺分布情况，大致如下：
一在今城东南，名为北宋·圣友寺；
二在城南，名曰南宋·清净寺；
三曰涂门外津头浦的宋·也门寺；
四曰南门元·穆罕默德寺；
五曰东门外东头乡元·纳希德重修寺；
六曰元·无名大寺。
此外，还有其他石刻尚在继续考证之中。可见，泉州‘礼拜寺增至六、七’之记载，乃真实不虚。”
文物出版社出版的《中国建筑艺术史》也载：“元代，伊斯兰教最盛之处在沿海……综合元碑资料，可知当时泉州至少已建有6座清真寺。”还记载泉州现有的全国最古老的清真寺“清净寺”原名“圣友寺”，而“清净寺”是泉州另一座被毁的清真寺名称，后人张冠李戴，也就将错就错了。该书系哲学社会科学“八五”国家重点课题，由中国艺术研究院建筑艺术研究所所长萧默博士主编，其可信度不言而喻。
南门清净寺
南门清净寺于十四世纪初由穆罕默德·本·艾敏伯克尔主持建造。
1948年，在泉州南门城基内出土一辉绿岩石刻，双面浮雕阿拉伯文花体文，其中一面译为：“主持建造此礼拜寺及其楼栋者，尊贵的、显耀的……穆罕默德·本·艾比伯克尔，即号称为哈迈勒拉……”从出土于南门墙推断，此清净寺寺址应该在南门附近。
碑文为阿拉伯文花体书法，与泉州元代波斯布哈拉人艾密尔·赛典赤·杜安沙碑的书法一致。艾密尔·赛典赤·杜安沙（参见泉州历史网《泉州宗教·伊斯兰教》）卒于元·大德六年（1302年）。穆罕默德建造的南门清净寺当与杜安沙碑时间相去不远，即十四世纪初。
该寺毁于元末兵乱。
东门外清净寺
东门外清净寺不知建于何时，只知在元·至治二年（1322年）由阿拉伯人纳希德·艾斯玛尔·穆萨丁重修。
1956年，在泉州仁风门外东头乡掘获一双面阿拉伯文碑刻，其中一面阴刻六行阿拉伯文，译为：“……这一高贵的大门，并翻新了它们……尊贵的纳希德·艾斯马尔·穆萨丁……此举为赢得至高无上真主的喜悦和怜悯……（伊斯兰历）722年禁月12日（公元1322年，元至治二年）……在真主宽恕之下的……”
该碑出土地东门外东头乡，为宋元时期外国人聚居之地，曾发现20多方伊斯兰教墓碑石和十几座石墓盖。伊斯兰教徒在此建造清净寺是可信的。
城南清净寺
城南清净寺，由阿拉伯人纳只卜穆兹喜鲁丁创建。
据元·吴鉴《清净寺记》载，纳只卜穆兹喜鲁丁乘坐商舶从撒那威来。撒那威是中世纪波斯湾内繁盛的贸易港口，与泉州有通商往来。
据韩振华研究，南城清净寺建于南宋·绍兴元年（1131年），元·至正九年（1349年）曾重修。具体位置在“西为州学，即府文庙青龙代左角，东为光孝寺（百源川池附近）与通淮门（百源川池东边），南为通淮街，北为州学前壕即子城外壕”，与涂门街清净寺并不同。
毁于元末兵乱。
津头埔也门清净寺
也门人奈纳·奥姆尔于12世纪创建涂门外津头埔也门清净寺，毁于元末。