施 琅（下）
【原名施郎，字尊侯，号琢公，谥襄壮。
明末清初泉州府晋江县衙口人（古称“南浔乡”）
战略抉择
——先澎湖后台湾。
——乘南风进兵（《舟师北上疏》）
澎湖之战
——郑军阵势。
——战略决战。
——铜山誓师出兵。
——军抵西屿。
——澎湖形势。
——澎湖初战。
——总攻决战。
——胜败分析。
——政治争取。
郑氏纳降
——郑氏纳降。
——报捷。
台湾弃留之争
——廷外的争论。
——《恭陈台湾弃留疏》。
——朝庭内的争论。
——台湾第一次被纳入中国版图。
治台
——稳定台局。
——《祭郑成功文》。
——《收用人才疏》。
——加意抚绥。
——力请蠲减租赋（《壤地初辟疏》）。
——通商兴贩。
——反对“迁界”。
——立严规以限开海（《论开海禁疏》、《海疆底定疏》）。
驻防厦门
——休养生息。
——两次陛见（康熙廿七年陛见。又数年再次陛见。）
身后
评价
战略抉择
先澎湖后台湾
康熙廿二年(1683年)一月，施琅《密陈专征疏》一方面提出专征台湾，另方面提出在南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案。
可是，在乘冬季北风或乘夏季南风东征台湾的问题上，清廷有不同意见。总督姚启圣、巡抚吴兴祚等坚持九、十月北风起时两路出击或先攻台湾，后攻澎湖。他们认为东北风迅猛，清军可占上风、上流之势。
两派意见相反，相持不下，结果给反对进兵台湾论者提供借口，上疏康熙帝要求“暂停台湾进剿”。康熙帝征台决心没有动摇，但却同意了乘冬季东北风进军台湾的主张。
十月，康熙帝谕施琅负专征台湾之职。施琅修改了分两路进攻澎湖和上淡水的作战方案，决定集中兵力进剿澎湖，尔后下台湾。
这是因为：
第一，“澎湖是台湾四达的咽喉，外卫之藩屏，先取澎湖，胜势已居其半”(施琅《边患宜靖疏》）；“我军暂屯澎湖，扼其吭，射其背，逼其巢穴，使其不战自溃，内谋自应”（《康档·康熙二十二年闰六月十一日·施琅题为郑克塽专差赍书求托事本》）。
第二，郑军的主力集中在澎湖，又是由郑军中威望最高的大将刘国轩指挥，如果将其全歼，则“台湾可不战而下”(李光地《施将军逸事》)。
第三，施琅认为台湾海峡的东北风季势虽猛，却骤发骤息，战船在海上不仅容易被吹散，而且不能抛锚定泊，再加此如果从金门直接攻台湾，有二百多公里，从澎湖到台湾仅五十多公里，后援线太长，如果迂到守军顽抗，进攻就难以持久。攻台应当采取突然偷袭，并且是稳打稳扎，逐步推进的办法。
乘南风进兵（《舟师北上疏》）
康熙廿一年(1682年)九月，施琅奉命率领舟师二万一千多人，由厦门移师北上。据施琅《舟师北上疏》（《靖海纪事·卷上》）云，十一月初三日，大军“抵兴化平海卫澳”。十二月二十三日放洋，驶往澎湖，不料海上“忽转东风，乃止”。十二月二十七日，大军自平海卫开驾，“又转东南顶头，再收平海”。
两次实践证明，乘东北季风东征台湾，貌似合理，但实际上是难以成功的。
鉴于以往的教训，施琅把选择出兵的季节、时间、风等条件作为一件大事，派专人查阅气候资料并进行了实地海情和风的观测，基本熟悉和掌握了海峡地区的气象情况，得出夏季台湾地区高温高温多雨，能见度较好，特别是在偏南风向下，风速和缓顺畅，得出了有利于舟师上横渡海峡的气象条件和结论。
战前清军将领们制定了比较周密的作战计划并做了充分准备。但对于选择北风还是南风的风向出兵这样一个关键问题，当时军内也存在不同意见，众将领之间还发生过激烈争论。
对“总督、提督称南风不如北风”的争执，施琅批驳说：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜。”
面对有的将领主张采用北风进兵，他多次向皇帝上书陈述自己的意见，就南风和北风对航海军事的影响优劣做了比较。他说：“乘夏至南风成信，当即进发捣巢。盖北风刚硬，骤发骤息，非常不准，难以预料；南风柔和，波浪颇恬，故用南风破贼，甚为稳当。”这在当时世界气象科技尚不发达的17世纪是十分难得的，最终他说服了其他将领。
施琅经过了长期对气象和气候规律的观察摸索，了解和认识到夏季里海峡洋面上台风发生率虽高，但是并不是天天都刮狂风，只要能够避开台风等恶劣天气的袭击，就可以挑选出一段良好天气顺利出航进行作战。
鉴于以往遇到大风浪的失败教训，他在挑选出兵季节上反复斟酌，最终重新提出于夏季农历六月份出洋，乘南风进兵的主张。由于有十二月两次乘东北风的失败，持东北风论者也就没有什么理由反对施琅的持南风论了。因此，乘南风进兵的方案得到清廷批准。
可是，施琅的乘南风攻取澎湖的决策，仍然处处受制。康熙廿二年（1683年）四月，施琅完成征台的一切准备工作，宁海将军喇哈达、侍郎吴努春，“会同督臣姚启圣，统率舟师开驾至铜山，以俟夏至后南风成信，联舡进发”。可是，姚启圣突然以“进剿海贼，关系重大之旨”为由，“随转意不前，而三军侧听，一尽解体”。
此时，宁海将军喇哈达、侍郎吴努春二人，却密陈兵部，颠倒黑白诬告施琅“称南风不如北风”，欲陷施琅于欺君之罪的境地。
清•李光地《施将军逸事》：
“越二年（康熙廿二年，1683年)，余请急家居，邂逅公小店中，雨甚，稍憩。
余曰：‘公出师在此月，然众皆言南风不利，公必犯之，何也？’
公曰：‘贾竖之言也。夫北风日夜猛，夜更甚。自此至澎湖，舟戴星行，就能鱼贯相尾，幸而不散；然岛屿悉贼据，到彼未能一战夺之，舟无泊处，坐与行殊，风浪飘泊，军不能合也。将何以战？夏至前后二十余日，风微夜静，海水平如练，可以抛舟泊洋，聚而观衅；不过七日，举之必矣。用北风者，徒幸万一；南风，则十全之算也。然节候月离，旬日间当有飓风，亦偶间岁不起；此则天意，非人虑所及。又贼将刘者，为彼魁杰。设以他将守澎湖，虽败未服也，必用再战。如守澎者刘，或死、或败，则势尽胆丧矣；台湾可不战而下。’
余喜曰：‘寇平矣！’
公笑曰：‘何相信也？’
余曰：‘闻为将者必识天时地理、利害向背，较将之智力，公兼之矣，能无平乎？’”
民国陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：
“及光地家居，适琅出师，邂逅小店中。
光地曰：‘众皆言南风不利，公必犯之，何也？’
琅曰：‘贾竖之言也！夫北风日夜猛，夜则更甚。自此至澎湖，舟戴星行，就能鱼贯相尾，幸而不散。然岛屿悉贼据，到彼未能一战夺之，舟无泊处。坐与行殊，风浪飘拍，军不能合也，将何以战？夏至前后二十余日风微夜静，海水平如练，可以抛舟泊洋，聚而观衅。不过七日，举之必矣。用北风者徒幸万一，南风则十全之算也。然节候月离，旬日间当有飓风，亦偶间岁不起。此则天意，非人虑所及。又贼将刘者，为彼魁杰。设以他将守澎湖，虽败未服也，必用再战。如守澎者刘，或死或败，则势尽胆丧矣。台湾可不战而下。’
光地喜曰：‘寇平矣！’
琅笑曰：‘何相信也？’
光地曰：‘闻为将者必识天时利害、地理向背。较将之智力，公兼之矣，能无平乎！’
琅以六月十四日舟发铜山、十六日至澎湖、二十二日克胜，果在七日中。战之日，东南角微云起，刘方调遣拒敌，望见喜甚。须臾，雷声殷殷动，刘推翻食案，叹曰：‘天命矣！’海行占风者以云起为风兆、闻雷则散云。”
澎湖之战
郑军阵势
康熙廿二年(1683年)正月，刘国轩得知清军即将进攻台湾，乃进一步加强防御。以忠诚伯冯锡范为左提督，守鹿耳门。
五月，刘国轩再增兵澎湖，总兵力达2万余人，并有大小炮船、鸟船，赶缯船、洋船、双帆船船等战船近200艘，分戍澎湖各要地。
此外，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内外堑、西屿头、牛心湾和醵屿等处，均添筑炮城十四座。在便于登陆的地段，还筑造了二十多里的女墙壕沟短墙，派兵把守。
铜山誓师出兵
清·康熙廿二年（1683年）五月，康熙帝见招抚不能成功，遂命施琅进兵。
清•李光地《施将军逸事》：“公（施琅）以六月十四日舟发铜山。”
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“公计寇在台湾，所恃惟澎湖之险，若（《神道碑》作“惟”）攻克澎湖，则台湾瓦解。乃以六月誓师，破浪直进。”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“遂行。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“二十二年六月兴师，大书将弁名于桅篷，以别功辜。”
民国陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“二十二年六月，琅兴师，大书将弁姓名揭于桅竿，以别功罪。”
六月十四日（1683年7月 8日）晨，在姚启圣准备了充足饷需的支持下，63岁高龄的施琅在福建铜山（今东山）誓师，率领大型战船300余艘、中小战船230余艘，以提标署右营游击蓝理（参见泉州历史网《泉州人名录·蓝理》）为先锋，在夏至前后的西南风风轻浪平时出发，二万多水师分三路向澎湖进击。
军抵西屿
经过一天一夜航行，六月十五日，清军抵达澎湖的第二大岛西屿（今渔翁岛）的西南边的猫屿、花屿和草屿等岛屿，夜泊澎湖南大门八罩岛。
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“敌率众拒战，胜负未决。入暮（《神道碑》作“日暮”），泊舟八罩岛，水急石利，舟不得住。海潮骤长，忽与岛平，飓风（《神道碑》作“咫风”）欲作遽止（《神道碑》作“逮止”），公以手加额曰：‘天佑我师也！’”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“入澎，故道皆为贼据，官军不得泊，因次八罩台。水驶石恶，忽潮涨石尽没，得平坦以渡。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“琅训练舟师先发，由铜山直抵澎湖。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》 ：“时众澳皆为贼据，遂泊于八罩湾。其地水驶石恶；师至，潮长没石，舟得平渡。”
《清史稿·列传47·施琅》：“（康熙）二十二年(1683年)六月，琅自桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩。”
民国陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“由桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩岛。”
在海上巡逻的郑军哨船发现后，即报知刘国轩，刘国轩闻讯，急命镇守狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东峙、牛心湾等各要点之将领，把大炮移到海岸，以防清军寄泊，传令各水师将领驾驶大烦船、鸟船、赶缯船，环泊于娘妈宫前和内堑、外堑、东峙、西峙各要口，准备迎战。
宣毅左镇请求乘清军远航疲惫，立足未稳之机主动出击，遭到拒绝。刘国轩认为炮城严密，清船无处可泊，只待风暴突起，将不战而溃。时值天晚，清军战船湾泊八罩以西的水坟澳。邱辉又欲进攻，刘国轩仍坚信日内必有大风，按兵不动。
澎湖形势
澎湖是郑军刘国轩主力盘踞的据点。
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“国轩筑短墙、置腰炮，环二十里。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“澎为台湾门户，贼精锐悉在，环设炮城，星罗棋布。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“台帅刘国轩守澎湖，据险要为固守计；筑短墙、置腰炮，环二十里。”
《清史稿·列传47·施琅》：“国轩踞澎湖，缘岸筑短墙，置腰铳，环二十馀里为壁垒。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“国轩踞澎湖，凡缘岸可登处，筑短墙、置腰铳，环二十余里为壁垒。”
澎湖初战
清•李光地《施将军逸事》：“十六日至澎湖。”
六月十六日晨，施琅直取澎湖本岛，两军在澎湖海面初战。清•先锋蓝理率7船冲阵，击沉和焚毁郑船数艘。标右营千总邓高匀等驾船5艘，又击沉郑船3艘。
时值南潮初发，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列。有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机齐出包围，右武卫林升率船队奋勇冲杀，清军稍却。施琅亲督诸船冲入敌阵，与兴化镇吴英前后夹攻，救出数船，力战得脱。
因天色将晚，清军水师收拢后，在西屿头洋中锚泊。邱辉又建议乘胜连夜出击，刘国轩寄希望于台风，坐失战机，不敢乘胜追击。
经一天激战，郑军损失兵将2000余、船只16艘，清军损失小于郑军，施琅右眼负伤。当晚，施琅率舟师泊于西屿头。
十七日晨，施琅率舟师驶回八罩水垵澳湾泊，严申军令，查定功罪，赏罚官兵；并议每镇督大鸟船6只，各配精兵，于十九日再战。
十八日，施琅率师出战，总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。
十九日，施琅率罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等坐小赶缯船，深入郑军腹地内堑、外堑侦察。
二十日，施琅遣使招降刘国轩，被拒绝。
二十日、二十一日，用赶缯、双帆艍船分作两股，佯攻内堑、外堑，以分敌势，麻痹郑军。
在十六至二十一日6天的战斗里，多数时间内都刮着柔和的偏南风，使处于上风方向的清军可以趁风势扬起风帆快速前进冲击敌人。起初战斗双方互有胜负，但郑军始终处于逆风被动不利的态势，具备了与守御澎湖的郑氏集团主将刘国轩决战的条件。
总攻决战
清军经过3天的休整和准备之后，于六月廿二日（1683年7月 16日）发起总攻。
清•李光地《施将军逸事》：
“二十二日克胜，果在七日中。
战之日，东南角微云起；刘（刘国轩）方调遣拒敌，望见喜甚。须臾，雷声殷殷动；刘推翻食案，叹曰：‘天命矣！’海行占风者，以云起为风兆，闻雷则散云。”
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“鼓勇进攻，炮伤目（《神道碑》作“炮石伤目”），不为止。诸军继之，呼声动天地；贼众悉披靡，遂克澎湖（《神道碑》作“澎湖三十六岛”）。”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：
“琅遣前锋蓝理等夺舰直入，会南潮发，为疾流所压；贼舟四合，琅亲督师舟宗（‘舟宗’合一字）冲其围，总兵官吴英继之，杀贼将大小七十、贼兵二千，取虎井、桶盘屿。遂督师分三队，东指鸡笼山为奇兵，西指牛心台为疑兵，中又分三股攻贼坚垒。贼坚拒良久，总兵官林贤率先陷阵，大师继至，呼声振撼波涛；自辰至申，焚贼舟百余，杀其将三百、兵万二千有奇。
凡海洋占候：‘云合风生，雷鸣风止。’将战时，黑云起，国轩方椎牛置酒相贺帐中；忽闻雷鸣，贼军皆错愕无措，遂大败，遁归台湾。”（参见泉州历史网www.qzhnet.com《泉州人名录•蓝理、吴英、林贤》）
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：
“琅遣前锋蓝理等直入战舟宗（“舟宗”合一字），奋呼力战。会南潮发，为急流所压；台舟四合。琅亲驾帅舰冲其围，总兵官吴英继之，杀台将大小七十、台兵二千余。已复取虎井、桶盘屿；遂督师大举，分三队：东指鸡笼山为奇兵，西指牛心湾为疑兵；又分中队为八股，进压前垒。台将来拒，总兵官林贤率先陷阵，大师继至，踊跃用命，呼声震撼波涛。自辰至申，焚台舟百余，杀其将三百、兵万二千有奇；而台之精锐悉歼矣。
凡海洋占候：‘云合风生，雷鸣风止。'将战时，黑云起，国轩置酒贺。少顷闻雷鸣，错愕失声；及兵败，遁归台湾。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“琅先令偏将冲锋破浪驾小舟潜值贼寨形势，乃分舟师为八队，每队七舟，自统一队居中，又分余舟截贼归路。值南风正急，将士贾勇而前，火矢交攻，贼艘被焚，覆溺投水者无算，遂破澎湖。”
《清史稿·列传47·施琅》：“琅遣游击蓝理以鸟船进攻，敌舟乘潮四合。琅乘楼船突入贼阵，流矢伤目，血溢於帕，督战不少却，总兵吴英继之，斩级三千，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分列东西，遣总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵东指鸡笼峪、四角山，西指牛心湾，分贼势。琅自督五十六船分八队，以八十船继后，扬帆直进。敌悉众拒战，总兵林贤、朱天贵先入阵，天贵战死。将士奋勇冲击，自辰至申，焚敌舰百馀，溺死无算，遂取澎湖，国轩遁归台湾。”
清·道光《晋江县志·卷18·武功志》：“二十二年六月，靖海将军施琅会各镇官兵破澎湖。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：
“琅遣署游击蓝理以鸟船进攻八罩岛，水急石利不得住；海潮骤长，忽与岛平，飓风大作遽止，琅以手加额日：‘天佑我也！’
师遂进。流矢伤目，不为止；总兵吴英继之。斩三千余人，克虎井、桶盘二屿。
旋以百船分别东西，遗总兵陈蟒、魏明、董义、康王率兵东指鸡笼屿、四角山，西指牛心湾，以分其势。
琅自督五十六船，分八队，以八十船继后，扬帆直捣。郑氏悉众来拒，清师联络齐进，总兵林贤、朱天贵突入其阵；八队踊跃奋呼，东西两路夹攻，波涛腾沸。自辰至申，焚其船百余、毙其将及兵卒万余人，遂取澎湖。”
具体讲：
战斗打响后，清军得用西南风优势，分前、中、后三路进攻守军。随征都督陈蟒、魏明、副将郑元堂等领赶缯、双帆艍船共50艘，由东畔直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻；以随征总兵董义、康玉、外委守备洪天锡领赶缯、双帆艍船共50艘，由西畔内堑直入牛心湾，作疑兵牵制；施琅与朱天贵、吴英等率船56艘，分作8股，每股7船，各作3迭，居中主攻。
对中路主力船队，施琅周密部署。将其分为8股，每股7艘战船，又各分作3叠。施琅居中率一股，兴化镇吴英领一股居左，平阳镇朱天贵、前营游击何应元合领一股居右，金门镇陈龙领一股在次左，署中营参将罗士珍、署右营游击蓝理、署后营游击曾成合领一股在次右之右，署铜山镇陈昌领一股在次左之左，海坛镇林贤领一股在末右，厦门镇杨嘉瑞领一股在末左。以上三路清军船队同时向守岛郑军发起总攻，直捣娘妈宫。另有80余只战船留为后援。
第二次大会战开始。此时，刘国轩闻外堑山顶嘹望炮连发，却一反常态，立即指挥各船齐起帆碇，从娘妈宫出而迎战。当时澎湖守军数量略少于进攻方，但郑军占据澎湖各要点，虽占有优势却处于逆风逆水地位。
郑军战船分为炮船、鸟船、赶缯等数种，其中炮船安设红衣大炮1位，重三四千斤，船头两边安设发烦20余门、鹿铳一二百门，有很强的攻击力。但清军士气高昂，按照施琅制定的作战方针，迅速变换成“五点梅花阵”阵法，以5艘战船攻敌船一艘，集中兵力各自为战。
阮曼锡《海上见闻录》载：“巳刻，南风大发，南流涌起，(施琅)遂下令扬帆联进。风利舟快，瞬息飞驶，居上流上风之势，压攻挤击，一可当百；又多用火器、火船，乘风纵发，烟焰弥天。”两军酣战竟日，声闻数百里。从早晨到下午“炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，除尺莫辨。”
刘国轩见清军各用命争先，便令刘明督其右镇尤俊、龙骧左镇庄用、侍卫中镇黄德、右镇蔡智、骁翊协蔡添、领旗镇林亮、勇卫前镇曾遂、中提督总理陈国俊、右武卫随征二营梁麟、水师二镇前锋镇营李富、左营张钦、水师三镇右营许瑞、水师四镇右营林耀、折冲左镇左营陈勇、右提督后镇左营王受等，乘鸟船、炮船、赶缯船、双帆艍船，合艅齐击。
郑军以数船围一，接连击沉邱辉、曾瑞、黄德、吴逊、吴福、王受等船。刘国轩发火箭喷筒，毒焰冲天。激战中，清总兵朱天贵战死，林贤前来援救，被困于下风，清军数只战船齐来，与林贤内外夹攻，击沉击伤郑船2艘，郑军退。《清史稿·卷261·兰理传》载，游击兰理中炮，“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进。”
施琅督清军拚死力战，东西两翼清军战船亦至，施琅命3路齐进，以众击溃，用火船乘风纵发。
当天，共焚毁、击沉和俘获郑军大小战船近200艘（其中大贡船三十七艘，大乌船五十二艘，其他船一百零七艘），郑军死伤各级将领300多名，歼灭郑军主力12000多人，缴获许多船只和武器装备，很快攻克澎湖列岛。澎湖陆上守备将领果毅中镇杨德等165人、士兵4853人投诚。清军官兵阵亡329人，负伤1800余人，船只无损失，可谓大获全胜。
刘国轩惨败，浮尸遍海。吼门水浅，清军未加堵御。刘国轩见诸军已丧没大半，恰遇水涨风顺，只是因地形熟悉，刘国轩才率领小炮船3艘、小鸟船2艘、赶缯及双帆船26艘和几百名将士从水浅礁险的吼门岛屿遁逃回台湾。施琅令陈蟒率快哨追擒。陈蟒港路不熟，未及。时至黄昏，施琅鸣金收军，打旗招降。
胜败分析
此战，交战双方的兵力大体相当，郑军经营澎湖多年，设防据守，以逸待劳；清军渡海作战，远来疲惫。郑军处于有利态势，而结果却一败涂地，全军覆没。除政治腐败，士气不高以外，指挥上的失着应是一个重要原因。
首先，是防御部署上的错误。郑军只注意防守八罩水道以北的北大山、西屿、北山等大岛，而忽视了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等诸小屿设防，使南来的清军水师得以乘虚入据，成了清军驻泊、休整和出击的前进基地。
其次，是消极防御，贻误战机。
当清军水师经过30多小时的航行，抵近澎湖时，郑军宣毅左镇邱辉对刘国轩说：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领烦船十只，同左虎卫江胜贯阵却之。”建威中镇黄良骥也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。”刘国轩却说：“炮台处处谨守，彼何处湾泊?当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身?此乃以逸待劳，不战可收全功也。”遂按兵不动，使清军水师得以顺利到达澎湖，环泊花、猫二屿。
邱辉又建议“乘夜潮落，冲舟宗击之”，又遭拒绝。
十六日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍以等待飓风使彼自覆为由未予采纳。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营未定可击，乘虚可击；今敌患三者，而不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，将奈何?”
刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃歼敌的有利战机，把取胜的希望完全寄托在可期而不可必的风暴上，结果是风未至而兵已败。《清史稿·列传47·施琅》载：“及战，云起东南，国轩望见，谓飓作，喜甚。俄，雷声殷殷，国轩推案起曰：‘天命矣！今且败。’”
第三，是冒险决战，全军覆没。郑军的作战方针本来是以澎湖为重点设防固守，刘国轩本人也不愿主动出击，而是指望海上风暴会使清军不战而败。既然如此，那末就应该充分利用防御工事，保存有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，当施琅发起总攻时，亦率全部海上兵力迎战，终于全军覆没。
清军之所以取胜，除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。《清史稿·列传47·施琅》载：“琅治军严整，通阵法。尤善水战，谙海中风候。”在指挥上有许多独到之处。
在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。
《清史稿·列传47·施琅》载：“将出师，值光地请急归，问琅曰：‘众皆言南风不利，今乃刻六月出师，何也？’琅曰：‘北风日夜猛。今攻澎湖，未能一战克。风起舟散，将何以战？夏至前后二十馀日，风微，夜尤静，可聚泊大洋。观衅而动，不过七日，举之必矣。即偶有飓风，此则天意，非人虑所及。郑氏将刘国轩最骁，以他将守澎湖，虽败，彼必再战。今以国轩守，败则胆落，台湾可不战而下。’”
这种选择曾经遭到姚启圣等人的强烈反对，但施琅始终不为所动。实战证明，这一选择是正确的，它保障了清军水师在发起总攻前的安全锚泊。
在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛。因为水师从铜山出航后可利用西南风，直取澎湖以南郑军未设防的诸岛屿，以作为前进基地，然后向北转入澎湖海域，这样便始终处于顺风顺流的有利阵位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。
在战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深谙海情的施琅是知道的，在初战小挫之后，便立即抓紧再战准备，并不失时机地发起总攻。施琅除分兵二路，从东、西两个方向进行佯动和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力战船，并以五船合攻一船，逐次歼灭了郑军主力，而清军水师却无一船损失，这在海战史上是不多见的。
政治争取
此后， 施琅又一面加紧军事行动，一面对郑氏集团施以大义，进行招抚。
澎湖战败，郑军几乎全军覆没，郑克塽等极为恐慌；施琅即进行政治争取工作。
施琅《靖海纪事·富鸿基序》载，澎湖海战结束后，有人向施琅进言：“公与郑氏三世仇，今郑氏釜中鱼、笼中鸟也，何不急扑灭以雪前冤？”施琅却说：“吾此行上为国，下为民耳。若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之与有？”还与将士“焚香戒约，一不妄杀”。
李光地《榕村语录·续集·卷11·本朝时事》载，施琅还向郑氏手下声明“断不报仇！当日杀吾父者已死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾亦不杀。今日之事，君事也，吾敢报私怨乎？”
施琅对郑军官兵无论是归顺的，还是被俘的，一律采取优待安抚政策。施琅《靖海纪事·富鸿基序》载：“所获敌卒，悉放归弗杀；带伤者济以医药，给以口粮。”民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“澎湖既定，乃以恩信结台人：迎降将领弁目凡百六十五人，赏以袍帽；士卒四千八百五十三人，给以银米；伤未及死者六百余人，医治之，送还台。降者相谓曰：‘是真生死而肉骨也！’归相传说，引领望王师矣。”
此外，对澎湖居民，除多方抚慰之外，还宣告免除3年徭税差役，以利休养生息。
所有这些，对安定台湾的民心士气，起了重要的作用。《海上见闻录》称，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”。
施琅以澎湖为据点，整船治军，拟于八月或十月，乘北风进军台湾。台湾闻郑军在澎湖惨败，人心惶惶，兵无斗志。此后，清廷对台湾加紧招抚，对台湾郑氏集团的上层人物，开展了政治攻势，把重点放在郑军的统帅刘国轩身上。
李光地《榕村语录·续集·卷11·本朝时事》载，施琅对杀他子侄的刘国轩，施琅在俘虏中找到刘国轩的亲信，对他说：“我决不与为仇，他肯降，吾必保奏而封之公侯，前此各为其主，忠臣也。彼故无罪，吾必与之结姻亲，以其为好汉也。”甚至还当场“折箭立誓”。促使刘国轩极力主降，并派兵监视郑氏子孙。清•李光地《施将军逸事》：“刘（刘国轩）败后，乘小舟走至台湾，忧沮无复战意，率先纳土，悉如公料。”
郑氏纳降
郑氏纳降
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“随遣裨将谕降。”
在施琅大军压境之下，郑氏已无抵抗能力。江日昇《台湾外纪·卷6》载，台湾出现“众志瓦解，守也难，不如举全地板图以降”，于7月5日遣使到施琅军中奉表纳降。驻守上淡水的虎卫镇何义也向施琅投降。
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“我军乘胜趋台，国轩就缚，克塽降，果如出师时琅所料。盖琅家于海滨，知海岛险易；又向依郑氏，热悉其上下军情故也。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》 ：“郑克塽降，台地悉平。琅入台，海水骤涨四尺，舟得并进。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“贼势蹙，纳土乞降。”
《清史稿·列传47·施琅》：“克塽大惊，遣使诣军前乞降，琅疏陈，上许之。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“国轩乘小船从吼门遁归台湾，与克塽及冯锡范等震慴无措，乃遣使乞降；琅为奏请，上许之。”
康熙帝接到奏报，召集百官商议，有大臣建议诛灭台湾郑氏九族，以报郑成功举兵抗清之仇。康熙帝严厉斥责道：“君子以德报怨，不可耿耿于怀于旧隙。台湾兵民同为炎黄子孙，理应共乐升平。”于是传旨施琅：“澎湖已克，台湾荡平似秋风之扫落叶。如能诚心归降，则既往不咎，可将前罪尽行赦免，仍加恩安插，务令所得。”
七月十九日，施琅派人到东宁出示军民髡发及各项投降清单。
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“琅亲临台地籍图书府库，抚人民死伤。”
清·道光《晋江县志·卷18·武功志》：“七月，我师入台湾，郑克塽降。”
《清史稿·列传47·施琅》载：“（康熙廿二年，1683年）八月，琅统兵入鹿耳门，至台湾。克塽率属薙发，迎于水次，缴延平王金印。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“八月，琅统兵自澎湖人鹿耳门，至台湾；克塽率其属薙发，迎于水次，缴延平王金印。”
八月十一日，施琅留水陆官兵3000名、大小战船30艘守澎湖，亲率舟师开往台湾。
八月十三日，施琅率领舟师進入台湾，到达台湾鹿耳门港（今台南市西北），登陆台湾。刘国轩等带领文武官员军前 迎接，各乡社百姓亦沿途“壶浆迎师”。十五日，举行受降仪式，郑克塽率領已經髡 发的東宁王国文武百官投降。廿三日，施琅率吴英、刘国轩等巡视台湾南北两路。
施琅攻取台湾之后，疏请朝廷礼待投降的郑氏幼主及其将帅。清·康熙二十二年（1683年）十月初六，施琅派船遣送郑克塽、冯锡范、刘国轩等并眷属由台湾至泉州，并把他们送往北京。
十一月廿二日，清军班师至澎湖。廿七日返抵厦门，台湾遂告统一。
报捷
施琅从1662年上疏议请复台，至1683年统一台湾，20余年百折不挠，终酬夙愿 ，卒成大业。
康熙廿二年（1683年）中秋日捷报到京，康熙帝大悦，把台湾纳入版图看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”赋诗旌施琅功绩。九月初十日，晋封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”。
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“而以捷书驰奏阙下。上大悦，进封公靖海侯、世袭（《神道碑》作“世袭罔替”），解所御衣赐公，制五言诗，亲（《神道碑》无“亲”）洒宸翰（宸翰：帝王所作文辞），褒美甚至。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“疏闻，仁庙大悦，即解所御衣，赋诗以赐；封靖海侯，世袭罔替。”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“台湾平，琅由海道报捷，七日抵京师；而启圣以飞骑由内地入奏，后琅二日抵京。仁皇帝嘉琅功，封靖海侯，世袭罔替。”
《清史稿·列传47·施琅》：“台湾平，自海道报捷。疏至，正中秋，上赋诗旌琅功，复授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，赐御用袍及诸服物。琅疏辞侯封，乞得如内大臣例赐花翎，部议谓非例，上命毋辞，并如其请赐花翎。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“加授琅靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替。”
康熙在施琅封侯的“制诰”中，对施琅大加表彰，指出：“以尔忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，特简为福建水师提督，前往相度机宜，整兵征进（台湾）……”“（台湾）自明朝以来，逋诛积寇，始克殄除。海外遐陬，历代未录疆索。自今初辟，悉入版图。此皆尔矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。”准許在澎湖大山屿妈宮城內及台南城內样仔林街建生祠，称为“施将军祠”，並赐以在台湾广大的勋业地称为“施侯租田园”、“施侯大租”的收纳统归清朝在台衙门代行，並保送至北京转交施琅世袭业主。
台南县的将军乡即因施琅将军而得名。
台湾弃留之争
廷外的争论
施琅征台之前，清廷早有台湾弃留之争。清廷多北方人，对台湾的历史、地理、物产全然不了解，更不知台湾在国防上的重要地位，而且惮于海上艰险。清廷所以要略取台湾，其根本原因在于要消灭郑氏政权，以杜绝后患。
郑氏政权灭亡、台湾刚统一的那年，即康熙二十二年（1683年）年底，朝廷内外便发生了一场关于台湾弃留的大争论。
廷外的争论，发生在福建。
《清史稿·列传47·施琅》载：“遣侍郎苏拜至福建，与督抚及琅议善后事。有言宜迁其人、弃其地者。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“遣侍郎苏拜往福建，与督抚及琅议善后事宜，时有议迁其人、弃其地者。”
《恭陈台湾弃留疏》
澎湖大捷后，时台湾尚未统一、时机还不成熟，施琅在《飞报澎湖大捷疏》（见《靖海纪事·卷上）中对台湾弃留问题只表示“但二穴克扫之后，或去或留，臣不敢自专”。
但是，郑克塽投降、台湾回归后，面对苏拜等人放弃台湾的主张，施琅坚决反对，力排众议，力陈留台的重要性，坚持保有台湾。
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“琅又言台地不可弃状，及宽减赋额、投诚人安插本省诸疏，皆报可。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“复具疏奏陈台湾弃留利害。”
康熙廿二年（1683年）十二月二十二日，施琅呈《恭陈台湾弃留疏》（全文见《靖海纪事·卷下》，《清史稿·列传47·施琅》有摘要），全文如下：
“太子少保、靖海将军、靖海侯、兼管福建水师提督事务、臣施琅谨题。为恭陈台湾弃留之利害、祈睿裁事：
窃照台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道迂回，乃江、浙、闽、粤四省之左护；隔离澎湖一大洋，水道三更余遥。查明季设水澎标于金门所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更余遥。
台湾一地，原属化外，土番杂处，未入版图也。然其时中国之民潜至、生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，将此地税与红毛为互市之所。红毛遂联络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为海逆郑成功所攻破，盘踞其地，纠集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江、浙。传及其孙克塽，六十余年，无时不仰廑宸衷。
臣奉旨征讨，亲历其地，备见野沃土膏，物产利薄，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛耳，兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，险阻之域。逆孽乃一旦凛天威，怀圣德，纳士归命；此诚天以未辟之方舆，资皇上东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致？
夫地方既入版图，土番、人民，均属赤子。善后之计，尤宜周详。
此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密，户口繁息，农工商贾，各遂其生，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船，渡无限之民，非阅数年难以报竣。使渡载不尽，苟且塞责，则该地之深山穷谷，窜伏潜匿者，实繁有徒，和同土番，从而啸聚，假以内地之逃军闪民，急则走险，纠党为祟，造船制器，剽掠滨海；此所谓藉寇兵而赍盗粮，固昭然较著者。
甚至此地原为红毛住处，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处，善能鼓惑人心。重以夹板船只，精壮坚大，从来乃海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩；若以此既得数千里之膏腴复付依泊，必合党伙窃窥边场，迫近门庭。此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虑。至时复动师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易再建成效。
如仅守澎湖，而弃台湾，则澎湖孤悬汪洋之中，土地单薄，界于台湾，远隔金、厦，岂不受制于彼而能一朝居哉？是守台湾则所以固澎湖。台湾、澎湖，一守兼之。沿边水师，汛防严密，各相犄角，声气关通，应援易及，可以宁息。况昔日郑逆所以得负抗逋诛者，以台湾为老窠，以澎湖为门户，四通八达，游移肆虐，任其所之。我之舟师，往来有阻。今地方既为我得，在在官兵，星罗棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌，不敢复发。
臣业与部臣苏拜、抚臣金鋐等会议之中。部臣、抚臣未履其地，去留未敢进决；臣阅历周详，不敢遽议轻弃者也。
伏思皇上建极以来，仁风遐扬，宜声远播，四海宾贡，万国咸宁；日月所照，霜露所坠，凡有血气，莫不臣服。以斯方拓之土，奚难设守，以为东南数省之藩篱？
且海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以之分防台湾、澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员，兵八千名；澎湖设水师副将一员，兵二千名。通共计兵一万名，足以固守。又无添兵增饷之费。其防守总兵、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，无致久任，永为成例。在我皇上优爵重禄，推心置腹，大小将弁，谁不勉励竭忠？然当此地方初辟，该地正赋、杂饷，殊宜蠲豁。见在一万之兵食，权行全给。三年后开征，可以佐需。抑亦寓兵于农，亦能济用，可以减省，无庸尽资内地之转输也。
盖筹天下之形势，必求万全。台湾一地，虽属多岛，实关四省之要害。勿谓被中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。惟去留之际，利害攸系，恐有知而不言。如我朝兵力，比于前代，何等强盛，当时封疆大臣，无经国远猷，矢志图贼，狃于目前苟安为计，划迁五省边地以避寇患，致贼势愈炽而民生颠沛。往事不臧，祸延及今，重遗朝廷宵旰之忧。
臣仰荷洪恩，天高地厚，行年六十有余，衰老浮生，频虑报称末由。熟审该地形势，而不敢不言。盖臣今日知而不言，至于后来，万或滋蔓难图，窃恐皇上责臣以缄默之罪，又焉所自逭？故当此地方削平，定计去留，莫敢担承，臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。
会议之际，臣虽谆谆极道，难尽其词。在部臣、抚臣等耳目未经，又不能尽悉其概，是以臣于会议具疏之外，不避冒渎，以其利害自行详细披陈。但事关朝廷封疆重大，弃留出自干断外，台湾地图一张，附马塘递进御览。缘系条议台湾去留事宜，贴黄难尽，伏乞皇上睿鉴施行。”
朝庭内的争论
朝中也出现了关于台湾弃留问题的激烈争论。《清史稿·列传47·施琅》载：“疏（施琅《恭陈台湾弃留疏》）入，下议政王大臣等议，仍未决。”
廷议大多倾向“弃台”，认为“此一块荒壤无用之地耳，去之可也”（《靖海纪事·卷下·恭陈台湾弃留疏·附录“八闽绅士公刊原评”》）；“得其地不足以耕，得其人不足以臣。”“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”。连康熙帝也一度认为：“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损”(《清圣祖实录·卷112》)。
甚至极力支持施琅统一台湾的内阁大学士李光地也认为“应弃”，“台湾隔在大洋以外，声息皆不相通”，可以“空其地，任夷人居之而纳款通贡，即为贺兰(荷兰)所有亦听之”(《榕村语录·续集·卷11》)。
台湾第一次被纳入中国版图
在施琅等人的力争下，康熙帝权衡利害关系，最后赞同施琅的意见，决定留住台湾。《康熙起居注·二十三年正月二十一日》载，康熙帝说：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可。”
清廷经过八个月对台湾弃留之争后，康熙二十三年(1684年）正月二十一日，“福建提督施琅请于台湾设总兵一员，副将一员，参将二员，兵八千；澎湖设副将一员，兵二千，镇守其地。”经过大臣们的商议，认为台湾应当设兵守卫为宜。
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“议设郡县防守，诏报可。”
《清史稿·列传47·施琅》：“上召询廷臣，大学士李霨奏应如琅请。寻苏拜等疏亦用琅议，并设县三、府一、巡道一，上命允行。”
清·道光《晋江县志·卷18·武功志》：“设一府三县。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“疏入，下议政王大臣等会议；大学士李蔚奏，应如琅请。寻苏拜与姚启圣等亦从琅议，上允行。”
康熙廿三年（1684年）四月，台湾第一次被納入中国版图，设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，设官治理，与厦门合设道官1员。
《清史稿·列传47·施琅》：“琅又疏请克塽纳土归诚，应携族属与刘国轩、冯锡范及明裔朱桓等俱诣京师，诏授克塽公衔，国轩、锡范伯衔，俱隶上三旗，馀职官及桓等于近省安插垦荒。复疏请申严海禁，稽核贸易商船，命如所议。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“琅又疏言：‘郑克塽应携族属，刘国轩、冯锡范应携家口，同明裔朱恒等俱令赴京。伪武职一千六百有奇、伪文职四百有奇，应候部议；降兵四万余人，或入伍、或归农，各听其便’。”
《清圣祖实录·卷111》载，康熙优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”郑克塽受封正黄旗汉军公，刘国轩授天津卫左都督总兵。
治台
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“伪藩纳款，公至台台（《神道碑》作“台湾”）宣播皇上德意，籍其户口，疏请于朝建立郡县（《神道碑》作“疏请于朝廷，立郡县”），分置文武官吏，兴学校，定赋税，海外悉平。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“海外悉平，封琅靖海将军、靖海侯，予世袭，仍管福建水师提督事。”
稳定台局
施琅的父亲和弟弟为郑成功所杀，其后，在郑经时代，他的家族又有70余人死于郑氏之后。但施琅不修旧怨，正确对待郑氏后裔和部属，从未对郑成功的后代采用过任何的报复手段，不杀郑氏一人，郑氏人众俱得妥善安置，稳定台湾的社会和经济秩序。
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“初，人谓郑氏乃琅深仇，师入，将快意。琅曰：‘义不共戴，宁忍忘之！顾海岛新附，一有诛残，恐人情反侧。吾所以衔恤茹痛者，为国家事重，不敢顾私也。'”
《清史稿·列传47·施琅》也记载：“人谓琅必报父仇，将致毒於郑氏。琅曰：‘绝岛新附，一有诛戮，恐人情反侧。吾所以衔恤茹痛者，为国事重，不敢顾私也。’”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“居数日，乃刑牲奉币，告于成功之庙曰：‘自同安侯（成功父芝龙封同安侯）入台地，始有居民。迨赐姓启土，世为巖疆，莫可谁何！今某实赖天子威灵、将师之力，克有兹土，不辞灭国之愆，所以忠朝廷而报父兄之职分也。第某早岁，于赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。某于赐姓，剪为仇敌，情念畴昔；芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已。’语毕，涕下。”
入台后，施琅果不食言。《靖海纪事·施德馨“襄壮公传·施襄壮公受降辩”》载，施琅不仅不杀郑家一人，见到降清的郑克塽等人时，与之“握手开诚，矢不宿怨。”将郑克塽、刘国轩和冯锡范等郑氏重要官员，以及晚明宗室，一并载入内地，送督抚妥善安排。对刘国轩等有功人员授予爵秩，予以重用。“礼待优厚，出郑氏望外”。
《祭郑成功文》
《靖海纪事·施襄壮受降辩》载，康熙廿二年（ 1683年）八月廿二，施琅特地备办祭品，亲自庙祭郑成功，“亲为文，祭成功，语简要，得大体，而微寓其不仇故主之意”，留下有名的《祭郑成功文》。文曰：
“自南安侯（郑芝龙）入台，台地始有居民（大量泉漳移民)。逮赐姓（郑成功）启土，世为岩疆，莫可谁何！今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄（应为“父弟”）之职也。但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是而已！”
祭文短小精悍，情深意挚，坦率表白施琅的三点态度：（一）肯定郑成功三代开基、光复、建设，台湾才成“岩疆”，谁也无法否定。（二）说明自己担当风险，不怕失利灭家之诛，专征台湾，是要效忠朝廷，并雪父弟之仇。仰赖康熙领导，将士用命，才获全胜。（三）叙述自己与郑成功原有“鱼水之欢”，虽因“中间微嫌”，“酿成大戾”，“剪为仇敌”，但“情犹臣主”。杀降报仇，江湖之士“义所不为”。不杀郑氏子孙，使其归顺清朝，服从祖国统一大业，是存“公义”与报“私恩”，也只能这样做。
祭文表现了施琅坦荡的胸怀，产生极大的政治影响，使台湾人心安定，迅速统一，得到康熙好评。
《收用人才疏》
台湾初定，对郑氏遗留人员，清政府曾下一道“一刀切”的命令，规定“康熙十三年（1674年）以后，凡投诚功未至八等者，追札归农”。为此，施琅上《收用人才疏》（《靖海纪事》），力陈此非用人之道，
施琅提出：“善用人之道，用之不可以拘例，弃之尤不可以骤促。”“若以功未至八等，循例而弃之，已至八等循例而用之，是徒循资格以待人”。“未至八等者，其才略未必皆逊于已八等之员；已至八等者，其才略未必能胜于未至八等之员。”
施琅提出用人之道必须是“唯择其精练勇敢者而蓄之”。
施琅又指出，倘若按未至八等者弃之，那么“于台湾新附人员，亦有勇敢、历练者。一旦弃之，未免屈其已效之力，而辜其已归命之心”， 是不利于台湾社会稳定的。
是故，施琅建议由督抚、提将在闽省“亲行考验”，择优录用，“洪开格外隆恩”，充分发掘人才，以人尽其用，“于国家未必无少裨也”。况乎前者“郑克塽现蒙优加公爵，冯锡范、刘国轩现授伯爵，国轩更叨天津总兵之任”。
加意抚绥
施琅率师到台湾后，在《祭台湾山川后土文》中说：“（台湾）幅员既入舆图兮，版籍已登庙堂。”又发布《谕台湾安民生示》，说：“念（台湾）土地既入版图，则人民旨属赤子，◇保抚绥，倍常加意。”规定“官兵不许占住民居，弁目不许包乡社”，“市肆买办，照依民价无亏”，“断不允供称官办应用，一丝一毫侵取民间”。并发布《严禁犒师示》等3个告示，严申纪律，严禁骚扰，严禁犒师，买卖公平，减租四成。
对郑氏遗留的士卒，依其“系外省者，分发外省各府县原籍安插；系本省者，即交各府县原籍安插”；“愿归农者，则听其归农；愿逐伍者，则暂拨在从征各镇营农伍。”
同时设立官庄。连横《台湾通史·卷8·田赋志·官庄》（商务印书馆，1983年10月）载：“以台地肥沃，土旷人稀，奏设官庄，召民开垦，按其所入，以助经费。”
通过这些措施，深得台湾人民（尤其拥郑臣民）和原住民的欢迎，对安定民心起了良好的作用。因此，“市肆不惊，耕耘如故，士民壶浆箪食以迎”（《靖海纪事·襄壮公传》）；“各乡社百姓，以及土番，壶浆迎师，接踵而至……咸皆欣欣踊跃。”
力请蠲减租赋（《壤地初辟疏》）
台湾统一后，康熙廿三年（1684年）七、八月间，即令福建当局议定台湾钱粮数额，大多认为“其地沃饶，赋宜厚。”工部侍郎苏拜等也坚持“所议钱粮数目，较伪藩郑克塽所报之额，相去不远。”为此，施琅上《壤地初辟疏》（《靖海纪事·卷下》），主张“轻赋薄敛”，核减数目。
施琅据实指出，台湾初定，郑氏的“文武官员、丁卒，与各省难民相率还籍，近有其半，人去业荒”。
他坚决否定工部侍郎苏拜等的意见，认为“在郑逆当日，伪称一国，自为一国之用度，因其人地，取其饷赋，未免重科。”
对于苏拜提出兴贩东洋之台湾白糖一事，施琅指出，台湾兴贩东洋白糖一项，岁定额二万石，“不足之数，听其在本省(福建)之内采买”，运抵台湾，再由台湾兴贩东洋。“何本省(福建)而不可兴贩(东洋)，必借台湾之名，买白糖赴彼(东洋)兴贩？”施琅直接点破，此皆苏拜等“虑彼(台湾)中之钱粮不敷，婉为筹度凑足良法”。由此可见，台湾“钱粮一时未能裕足故也”。
施琅认为，台湾初定，即加重赋税是行不通的。现在如若重征赋税，则“道府责成所系，必奉行催科”，兼以郑氏时所征“乃时银，我之所定者乃纹银，纹之与时，更有加等”，其结果终难“保无酿成地方之祸”。因此力主“海邦新造，正宜轻税敛，以示国恩。”
最后，施琅指出，他所以议守台湾，“非以因其地而可以加赋也”，守台湾实属“关系数省地方安危”。目前对台湾的“留心安集抚绥，俾回民乐业，亿兆欢戴”，正是为了“数年后，人户盛繁，田畴悉易，赋税自尔充溢，斯时有增无减，岂待按数而征哉”!
由于施琅极力坚持，康熙帝不但批准裁减台湾当年应纳税谷十分之四，而且次年又减赋额十分之四。从而使台湾赋税较郑氏时期几乎下降百分之六十（山田伸吾《台北县下农家经济调查书》）。从而使台湾人民得以休养生息，有力地刺激了当地人民的生产积极性，促使台湾经济迅速复苏。
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“部议征赋，略准郑氏故额。琅言故额太重不可准，且其地士著者少，被掠人民多归故籍，人去业荒，税将安出？乃灭十分之四。”
通商兴贩
台湾统一后，随着海疆的开发，人口的增加，农业生产的发展，台湾商贸活动也日益兴盛，纷纷出海贸易。连横《台湾通志·卷20·粮运志》：“台湾商船皆漳、泉富民所造，渡海贸易，以博赢利，一时商务繁盛。”徐怀祖《台湾随笔》（载《水方壶斋舆地丛书》）亦载，台湾大商人“人置渔舟，家有商舶”。
连横《台湾通志·卷25·商务志》载，当时台湾颇负盛名的“三郊”、“郊商”，“各拥巨资，以操胜算。”“南至南洋，北及天津、牛庄、烟台、上海，舶舻相望，络绎于途，皆以安平为往来之港。”
反对“迁界”
施琅一向关心沿海百姓的安宁，一开始就坚决反对“迁界”。他说：“自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”可惜，他的这一高见， 一直到1683年他率兵统一台湾后再“请于朝”，沿海迁民才“悉复其业”。
于是被弃的民田“渐次垦辟”，从福建到广东，沿海“禾麦 ”，“一望良畴”。
民众无限感激，称：“台湾未平，此皆界外荒区。平后，而荒烟野草复为绿畦黄茂，圮墙颓垣复为华堂雕桷。微将军（施琅）平海，吾等无以安全于永久也。”
立严规以限开海（《论开海禁疏》、《海疆底定疏》）
在海禁问题上，施琅先是他主张开海禁，海禁既开，又要求严加限制。
《清史稿·列传47·施琅》：“复疏请申严海禁，稽核贸易商船，命如所议。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：
“二十四年三月，琅疏言：
‘虑事必计其久远，防患在图于未然。迩者，海禁既开，设关差定税额。沿海商民，增造多船，飘洋贸易，捕采纷纷；水师汛防，无从稽察。
据中军参将张旺报称：刘仕明缯船出口，给有官票往吕宋经纪，载货无多，附搭人数一百三十三名。一船如此，余概可知。弗为设法立规，节次搭载而往，恐内地贫乏人民俱为引去。以台湾难民，尚荷皇上德意，移入内地安插；今内地之人，反听其相引而之外国，殊非善固邦本之法。
即观外国进贡之船，人数有限，岂肯遗留一人在我中土？更考历代以来，备防外国，甚为严密。今虽许其贸易，亦须有制，不可过纵。
况新造贸易之船，皆轻快牢固、炮械全备，倍于水师战舰。倘或奸徒窃发，借其舟楫、攘其资本，恐致蔓延。
盖天下东南之形势在海而不在陆，陆地之为患也有形，海外之藏奸也莫测。且台湾、澎湖新辟，远隔汪洋，虽有汛守官兵，一遭阻截，声息难通。将东南环海地方，不又仰廑宸虑？
臣在闽言闽，当此未然，深知情弊；伏乞敕部行令督、抚，各将通省之内凡可兴贩外国各港门，议定船数，每船酌定人数；其采捕渔船，亦设法使互相稽察，以杜泛逸海外，则祸患不萌，疆隅永以宁谧矣。’”
连横《台湾通史·卷7·产役志》（商务印书馆，1983年10月）记：“克台之岁，旨下福建督抚，凡渡台者禁带家眷，而琅亦请申海禁，不许惠、潮之人入台，故多漳、泉人。”
施琅“请申海禁”，见之施琅上康熙帝的《论开海禁疏》和《海疆底定疏》（《靖海纪事》）。
施琅《论开海禁疏》认为，“安不忘危，利当思害，苟视为已安已治，无事防范，窃恐前此海疆之患，复见不远。”“台湾、澎湖新辟，远隔汪洋，设有藏机叵测，生心突犯，虽有镇营官兵汛守，间或阻截往来，声息难通，为患抑又不可言矣！至时必有以禁止贸捕之议复行。”因此建议对出海贸捕相应进行必要的管理与限制。
在《海疆底定疏》里，施琅一方面肯定“深念海宇既清，生灵涂炭多年，故大开四省海禁，特设官差定税，听商民贸捕，群生感沛之均沾”。另方面却主张立严规以限开海，即所谓“展禁开海，固以恤民裕课，尤须审弊立规”。
其理由如下：
其一，防止郑氏残余势力与沿海商民勾结卷土重来。
施琅说，“海禁既展，沿海内外多造船只，飘洋贸易、捕采，纷纷往来，难以计算，水师汛防无从稽察。”特别是郑氏残余势力尚存，如“南之柬埔寨，尚有伪镇杨彦迪下余孽黄进，聚艘百余号；北之浙江乌洋，尚有房锡鹏残党及抚而复叛之刘会，集艘数十只”。
施琅认为海禁既开，“内地人民、奸徒、贫乏不少”，若随意赴海外，则内地人口“渐见日稀”。因此提出，“赴南北各省贸易并采捕渔船”，要由督、抚、提“画定互察牵制良规，以杜泛逸海外滋奸”。施琅且以“前此海疆之患，复见不远”为警语，提醒康熙帝重视。
康熙帝接受施琅的奏请，如连横《台湾通史》所云的“旨下福建督抚，凡渡台者禁带家眷”；“不许惠、潮之人入台”；入台人员需经厦、台的海防同治批准、给照。
这种消极政策，皆源于预防大陆人民与郑氏残余势力的勾结。开始时，主观上以为单身渡台人民“皆无妻孥……其志在力田谋生，不敢稍萌异念”。 但是时间一长，弊端也就出来了，所谓“客庄居民，从无眷属，合各府、各县数十万之倾……无室家宗族之系累，欲其无不逞也难矣。妇女渡台之禁既严，又不能驱之使去，可为隐忧”。（蒋炳钊、田钿点校：蓝鼎元《鹿洲全集·卷11·粤中风闻台湾事论》，厦门大学出版社，1995年）
因此后来，蓝鼎元吁请“凡民人欲赴台耕种者，必带有眷口，方许给照载渡，编甲安插”（蒋炳钊、田钿点校：蓝鼎元《与吴观察论治台湾事宜书》，厦门大学出版社，1995年）。
其二，关于商民出国贸易问题。
施琅提出必须压制中小商民自由进行海外贸易。
施琅说，海禁既开，“贩洋贸易船只，无分大小，络绎而发，只数繁多，资本有限，饷税无几。不惟取厌外域，轻慢我非大国之风；且借公行私，多载人民，深有可虑。”即商民自由出海贸易是有伤国体，特别是怕商民与郑氏残余势力勾结。
施琅认为，“台湾难民，尚荷皇上德意，移入内地安插。今内地之人，反听其相引而之外国，殊非善固邦本之法”。再三强调“虽许其贸易，亦须有制，不可过纵”。
最后，以警言上康熙帝：“我朝御极以来，凡有梗化，精骑一到，率土咸服；独此海氛，积年负抗，调拨劳费，动关亿万，未获削平”，所以应该“思患预防，不可一日废弛。”
驻防厦门
康熙廿二年（1683年）年十一月廿七日，施琅班师返抵厦门，以福建水师提督驻防厦门。
休养生息
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：
“公在镇十余年，以闽人罹海患久，闾阎（里巷之门，借指平民）元气未复，一意休养生息。其大指，在宽以莅众、严以束兵。今濒海数千里桑麻被野、烟火相接，公之力也。尤敬礼士大夫，敦尚文学；治军之暇，多延宾客讲论文史为乐。
天性孝友，事父母克尽诚敬，虽公务旁午（旁午：交错，纷繁），定省不懈。长兄卒，以长子世騌为之嗣。事叔如父，抚侄如子。至于平时故旧，尤笃念念不忘也。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“值岁凶，平籴赈，全活百万户。又捐俸重修文庙，规制一新。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“琅在镇十余年，以闽人罹海患久，闾阎元气未复、一意休养生息；其大旨在宽以莅众、严以束兵。濒海数千里，桑麻被野、烟火相接，琅之力也。”
施琅不但善于征战，且高度重视建设，驻防厦门时创下不少业绩。
康熙廿年（1681年)清军占领厦门，总督李率泰令堕岛城，厦门一片荒凉。康熙廿二年（1683年）台湾统一后，施琅除上表《恭陈台湾弃留疏》筹措开发台湾外，还及时上表奏请重建厦门城、开通海禁开展海上贸易，为把厦门建成为通商口岸作出贡献。
康熙廿二年至廿四年（1683—1685年），施琅重建并拓展厦门城，恢复厦门的生产秩序，使厦门“圮墙险垣复为华堂雕桷”。该城于1919年拆除，现在工人文化宫后尚存城垣一堵。
康熙廿三年（1684年），施琅在鹭江海滨辟建海关大馆，在原塔仔街辟建厦门海关监督署，俗称户部衙门，占地数千平方，依山而筑，规模宏伟，高处可以观海。民国初年由末料武状元黄培松（参见泉州历史网《泉州人名录·黄培松》）改建为江夏总堂。
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“是年（康熙廿四年），琅疏请卹赏进剿澎湖伤亡及受伤兵丁。”
康熙廿四年（1685年），施琅除在岛上部署兵营外，又在城中心建成福建水师提督署，还配建有“足观堂、澄心堂、八风亭、方池怪石”诸景观，署前巨榕成荫，无数白鹭巢栖其上，是厦门称为“鹭岛”的标志。
施琅还在提督署后“凿海筑提，引流入池”，“因地高下，为斋为亭……”，辟建了一座“各极幽旷”的大型宾馆“来同别墅”。从当时郑纟赞祖的《来同别墅记》，可以看出施琅又是一个园林设计师。来同别墅除接待往来官员外，同时接待“外国之梯航来此者”，可谓厦门最早的国际宾馆。现在厦门的新华路与大同路交界处的民巷中，仍可找到来同别墅的断柱残础。
施琅还是厦门各重要旅游景观的保护者和建设者。
据《厦门志》载，厦门南普陀，“初名泗洲，宋·治平（1064一1067年)间改普照院，元·至正间废，明·洪武间毁于兵……国朝•康熙间，靖海将军施琅重建，改名南普陀，左右有鼓山钟山，有洞名‘六月寒洞’；左有云巢，又有石笕以引水。”可见施琅当时重建南普陀已初具规模。
厦门万石植物公园最重要的景观是万石岩（今之万石莲寺），《厦门志》：“国朝•康熙间，施琅建寺”。
施琅平台凯旋后，在厦门城西建朝天宫崇祀妈祖，原址已毁。（参见泉州历史网《泉州人名录·妈祖》）
施琅晚年致力于公益事业，还于晋江、泉州、厦门等地修桥造路，兴办学校。他在厦门今将军祠路兴建施氏宗祠和施氏家塾——鹭津书院，在家乡兴建施氏大宗祠（参见泉州历史网《泉州祠堂·衙口施氏宗祠》）等。
两次陛见
在福建水师提督任上，施琅先后两次陛见，向康熙提出年老退休要求，康熙两次挽留。
康熙廿七年陛见
康熙廿七年戊辰（1688年）七月，施琅首次陛见。
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“戊辰（康熙廿七年，1688年）春，太皇太后升遐（升遐：升天，古代专称帝王薨），公入都哭临（《神道碑》作“哭临时”），上遣大臣劳公于芦沟桥。入见，慰问备至，锡宴加等。”
《清史稿·列传47·施琅》载：
“（康熙）二十七年（1688年），入觐，温旨慰劳，赏赉优渥。
上谕琅曰：‘尔前为内大臣十有三年，当时尚有轻尔者。惟朕深知尔，待尔甚厚。后三逆平定，惟海寇潜据台湾为福建害，欲除此寇，非尔不可。朕特加擢用，尔能不负任使，举六十年难靖之寇，殄灭无馀。或有言尔恃功骄傲，朕令尔来京。又有言当留勿遣者，朕思寇乱之际，尚用尔勿疑，况天下已平，反疑而勿遣耶？今命尔复任，宜益加敬慎，以保功名。’
琅奏谢，言：‘臣年力已衰，惧勿胜封疆之重。’
上曰：‘将尚智不尚力。朕用尔亦智耳，岂在手足之力哉？’命还任。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“二十七年七月，琅入觐。时福建陆路提督万正色与琅阳为和好，阴相嫉妒；内阁学士锡住奏琅善用兵，但行事微觉好胜。上戒勉之。”
又数年再次陛见
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：
“又数年，疏请陛见。拜起间（《神道碑》作“拜起问”），上命左右扶掖之。
公顿首言：‘臣年老且衰，海疆事重，愿更择人，解臣任！’
上曰：‘吾用汝心，不在手足。俟二十年后，方如所请耳。’赐宴归。”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：“琅还朝，以步履艰，命侍臣扶掖上殿，恩赉有差。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：“入觐京师，命途次三设供帐。以步履稍艰，侍臣持掖拜起，赐坐。奏对，请依阙下，不允。”
身后
康熙卅五年丙子（1696年）农历三月廿一日，施琅卒于厦门任上，年七十六。葬惠安县黄塘镇虎窟村鹤顶山（俗名虎窟）。朝廷命官3次谕祭，并于泉州府学前建祠祀之。（参见泉州历史网 www.qzhnet.com 《泉州古墓·施琅墓》）
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：
“春间出行郭外，偶感风寒，遂不起。”
“康熙三十五年丙子春三月，光禄大夫、太子少保、内大臣、靖海将军、靖海侯兼管福建水师提督施公卒于位。讣闻，上震悼。
公遗疏言：‘海疆重寄，填抚宜得人。’举江南提臣自代。列荐偏裨以下材略堪任者，备擢用。又请葬于故乡，遂首邱之思；而以子世范嗣侯、世騋守坟墓。章下所司，格于例；上特旨悉如公所请，予祭葬从厚，加赠太子少傅，盖异数也。”
“公生于某年月日，卒于某年月日，春秋七十有六。配王氏，累封一品夫人。子世纶，江宁府知府；世骥、世騋、世骠、世骅；世范，袭封靖海侯。孙某某。以某年月日葬公于某原。”（参见泉州历史网www.qzhnet.com 《泉州人名录·施世纶、施世騋、施世骠》）
【《神道碑》无“康熙三十五年丙子春三月……以某年月日葬公于某原”文字】
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：
“年七十六卒于官，谥‘襄壮’。
子世纶、世骠，世范。范袭侯爵。
骠为水师提督，以康熙六十年朱一贵叛，征讨有功，赠太子少保，谥‘勇果’；其克台亦六月，与琅平台之期先后相符云。”
钦定四库全书《福建通志·卷45·人物3·泉州府·国朝·施琅》：“寻卒，赐谥‘襄壮’，祀福州道山特祠。”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：
“归，卒于官，年七十六。赠太子少傅，谥‘襄壮'。”
“子世纶、世骠，自有传；世范，袭侯爵。”
清·乾隆《泉州府志·卷40·封爵·清》：“施琅，晋江人。以平海功封靖海侯。卒，子世范袭。世范卒，子廷皋袭；廷皋卒，子纯恺袭。”
《清史稿·列传47·施琅》：“三十五年卒于官，年七十六，赠太子少傅，赐祭葬，谥襄壮。子世纶、世骠，自有传；世范，袭爵。”（参见泉州历史网《泉州人名录·施世纶、施世骠》）
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“三十五年卒于官，年七十有六。赠太子少傅，赐祭葬如典礼，谥‘襄壮’。”
《靖海纪事·卷下·康熙三十七年九月“三次谕祭文”》载，康熙帝在三次谕祭中，分别评价施琅为“忠勇性成”；“果毅有谋，沉雄善断”；“材武性成，谋猷夙裕。”
其时，“两岛八闽皆顷德”，纷纷为之树碑扬誉。泉州府城阳义铺立康熙制诗句“上将能宣力，南纪尽风流”坊，石狮“南邦寄重”坊，厦门今将军祠路“勋高大树，爱永甘棠”坊（已圮），厦门镇南关“功敷海表，泽普天南”坊（已圮），同安“绩光铜柱”坊等，表彰施琅的功绩。（参见泉州历史网《泉州碑坊》）
他的后人把他戎马生涯中的奏折文章辑成《靖海纪事》一书传世。
评价
清•李光地《施将军逸事》：“先是，明季郑之祖芝龙，海大寇也，归诚后贵显。尝朝京师，过龙虎山，有异人为决未来事，语甚隐，然意若跨土称孤、争衡南面者。末云：‘金鸡唱，龙种消。’公（指“施琅”）辛酉生，其专征又以辛酉年；龙种者，芝龙子孙也。余十五、六时便闻斯语，后二十余年而验。”
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“铭曰：‘赫赫施公，天挺英杰；奋起行间，克树鸿烈。一战澎湖，氛埃屏息；净扫鲸鲵，永销萌蘖。画井定疆，设官分职；皇图式廓，海外有截。帝嘉懋功，通侯晋锡；俾尔子孙，作屏王室。既寿且康，视履元吉；令终有俶，爰返幽宅。炳耀乡闾，辉煌竹帛；千秋万祀，视此贞石！’”（《神道碑》无此铭文）
清•王熙《光禄大夫太子少保内大臣靖海将军靖海侯赠太子少傅施公琅墓志铭》：“呜呼！公起自偏裨，位至将帅，晋秩宫保，绾通侯印（《神道碑》作“侯爵”），子孙世世承袭；功名之际可谓盛矣！结发从戎，身经数十战，最钜者在澎湖，百年逋寇不旋踵而灭。滨海居民复生业者亡虑数百万，舟师估舶（《神道碑》作“舟古[“舟古”合一字]舶”）连樯于万里之外，扬帆往来若履户庭，遐方宝贝麇至鳞集，鱼盐蜃蛤之利充牣（牣：满）闤闠（阛阓：街市）。此固我皇上盛德大业，声灵所加，无远弗届（届：到）；而当其奋勇独进，出入于洪涛巨浪之间，奏肤功（肤功：又曰肤公，大功），建鸿绩，公之猷略岂不伟哉！而又能谦让不伐(不伐：不自我夸耀)，以功名终，虽古名将无以过也。”
清•陶元藻《靖海侯施琅传》：
“赞曰：
‘余闻琅泊军安平，海有废井，拜之而泉沸；其精诚感格，与汉贰师‘刺山泉涌’者何异焉！
又闻鹿耳门有铁板沙伏沈水底，舟人必量水而行；门甚狭，又难连樯并进。当琅师抵门，海水骤涨四尺，舟得并驾而入。则平台之绩虽曰人力，岂非天命与！
然琅不过一海滨力士耳，卒能除国患、复家仇，忠孝两全，勋名赫弈，琅亦人杰也哉！’”
清·乾隆《泉州府志·卷56·勋绩·国朝勋绩·施琅》：
“琅容貌魁杰；少时庄际昌一见，大奇之。（参见泉州历史网www.qzhnet.com 《泉州人名录·庄际昌》）
既平海岛，从容坐镇；日与文士、诗人宴游酬酢，颇有东山、汾阳风度。【按：“东山”：指淝水之战时东晋一方的总指挥谢安。“汾阳”：指唐代中兴名将郭子仪。】
为将纪律严明，熟习海务。初出师时，人言南风不利；琅曰：‘我泊舟地距敌远，北风起，舟从风飘散，非二、三日不能集。刻正夏至前后二十余日，风微浪静，夜可泊洋，聚而观衅；不过七日，举之必矣。且国轩为彼魁杰，适守澎湖；克之，则台湾可不战下也。'卒如所料。
所用部曲、家将及为帅舰舵工、水手自立绩效拥旌旄者，前后相属。”
民国•陈衍《福建通志•福建列传卷32•施琅》：“先是，郑芝龙归诚后，尝过龙虎山，有异人为决未来事，语甚隐然，意若跨土称孤、争衡南面者。未云：‘金鸡唱，龙种消。’琅辛酉生，其专征又以辛酉年；龙种者，芝龙子孙也。后二十余年而验。”
杨海英《施琅史事探微》（《清史论丛》2006年号 ）对施琅的评价是：“施琅一生中最大的业绩是争取台湾。当他奉命出征时，是在清朝入关三十多年、明郑政权进入后期，郑经‘已无复西征之意’，抗清复明目标消失，陷入‘封建割据’。清朝则不仅消灭了大陆上的南明政权，而且也基本平定三藩，人心向往和平安定，发展成为当时历史的主旋律。施琅的举动顺应了历史潮流，他在清朝的建树与洪承畴（参见泉州历史网《泉州人名录·洪承畴》）在清朝的作为，并非五十步效百步，两者不能同日而语。”
许在全《如何正确评价施琅》〔泉州社科规划资助课题〕认为：“从多民族统一国家的观点评价施琅，施琅的最主要历史功绩，是他坚持台湾是中国领土不可分割的一部分，坚持国家的统一。他为中华民族争取到212年的时间，即从1683年统一台湾，至1895年不平等的‘中日马关条约’的签订，台湾沦为日本的殖民地，在这二百多年的时间内，台湾人口从20万人增至320多万人；行政区域从一府三县，增至一省、三府、一州、十六县和六厅。施琅为多民族统一的封建国家的建立，为台湾社会经济的恢复和发展创造了条件。”